Яков Владимирович по-прежнему много летает на различных моделях самолетов. В конце 1928 года он одним из первых в бригаде совершил полет на самолете-разведчике Р-5, а затем освоил высший пилотаж на новейшем по тем временам истребителе И-3. Стремясь быть всегда и во всем примером для подчиненных, он научился отлично стрелять, бомбить, фотографировать, став одним из лучших навигаторов эскадрильи. В июле 1929 года эскадрилья Смушкевича успешно выполнила опытное бомбометание по особому заданию штаба РККА.
С весны 1930 года Яков Владимирович — заместитель начальника политотдела 2-й авиабригады. Он по-прежнему рвется в небо. Постоянно летает, за что его прозывают «крылатым комиссаром».
С января 1931 года Я.В. Смушкевич — военком и начальник политотдела 6-й авиабригады в Смоленске. К этому времени он уже стал не просто прекрасным политработником, но и хорошим летчиком-самоучкой. Это было достигнуто ежедневными тренировками и постоянной работой над своим самообразованием. В конце учебного года комиссар и начальник политотдела Смушкевич занял первое место в авиабригаде по стрельбе из пулемета и точной бомбардировке.
В ноябре 1931 года Я.В. Смушкевич становится командиром и комиссаром 2-й авиационной бригады имени Совнаркома Белорусской ССР (в 1933 г. была переименована в 201-ю легкобомбардировочную, в 1936 г. — в 40-ю авиабригаду). Часть дислоцировалась в Витебске и состояла из 4-х эскадрилий. Много времени потратил Яков Владимирович, чтобы обучить летный состав. Летчиком он стал великолепным. Мог не только отдать приказ, но и сам показать, как надо его выполнять. На занятиях, которыми он руководил лично, летчики авиабригады изучали тактику воздушных боев, теорию пилотирования, техническую часть самолетов. «Уроки Смушкевича» — так промеж себя называли пилоты эти ежедневные занятия. Вскоре все летчики авиабригады были обучены передовому способу — полетам вслепую по приборам. Это они с блеском продемонстрировали на осенних маневрах Белорусского военного округа. Благодаря организаторским способностям и военному таланту Смушкевича авиационная бригада превратится в одно из образцовых соединений Военно-воздушных сил Красной Армии. После успешных сентябрьских маневров о его работе одобрительно отозвался Я.Б. Гамарник. Возглавив Политуправление РККА, он продолжил внимательно следить за дальнейшими успехами Смушкевича, постоянно ставя его в пример.
Несмотря на достигнутые успехи и большой авторитет в авиации, Смушкевич все еще оставался летчиком-самоучкой, т.к. не имел соответствующего образования. Этот пробел Яков Владимирович решил исправить как можно быстрее. Взяв очередной отпуск, он отправляется на курсы усовершенствования начальствующего состава при 1-й военной школе летчиков им. тов. Мясникова в Каче. С 25 октября по 14 декабря 1931 года Смушкевич проходит ускоренный курс летной подготовки и получает пилотское свидетельство.