Выявленные войной недостатки в деятельности ВВС надо было срочно исправлять. Яков Владимирович понимал это, как никто другой. Он с головой уходит в работу. Его часто видели на заводах, в конструкторских бюро, на испытательных полигонах и аэродромах. Он засиживается в штабе ночами. В те дни из кабинета командующего ВВС не выходили инженеры, конструкторы, летчики-испытатели. Без них не решался ни один вопрос, касающийся оснащения ВВС новой техникой.
Чтобы форсировать выпуск новой техники, Смушкевич предложил военным летчикам испытывать самолеты на заводах. После удачного исхода испытаний сразу же начиналось их серийное производство. Раньше это делалось лишь после государственных испытаний и принятия самолета комиссией. Так удавалось существенно сократить путь от конструкторского бюро до аэродрома. Такой метод испытаний широко использовался в годы Великой Отечественной войны. И во всем этом была немалая заслуга Смушкевича.
Постановлением Совета Народных Комиссаров СССР от 4 июня 1940 года Я.В. Смушкевичу было присвоено воинское звание «генерал-лейтенант авиации». Этому предшествовало одно событие, которое в полной мере характеризует скромность и порядочность Якова Владимировича. По своей должности он входил в комиссию по присвоению в РККА генеральских званий. После того как единогласно было принято решение присвоить ему воинское звание «генерал-полковник», он решительно возразил: «Я не хочу, чтобы у кого-нибудь даже возникла мысль, что вот сидел Смушкевич в комиссии и себе одному высшее звание выбил»{27}.
20 июля 1940 года Приказом НКО № 03321 генерал-лейтенант Смушкевич Я.В. был назначен начальником Главного управления Военно-воздушных сил Красной Армии. Но пробыл на этом посту он совсем недолго. 15 августа 1940 года он был освобожден от должности и назначен генерал-инспектором инспекции ВВС. В том же месяце он отправляется с проверкой в только что сформированный Прибалтийский особый военный округ. ВВС округа командовал дважды Герой Советского Союза генерал-лейтенант Г.П. Кравченко, давний знакомый и боевой друг.
После инспекторской проверки в г. Паневежис Смушкевич решил побывать на родине — в литовском городе Рокишкис. Прошло более 20 лет, как он покинул родные края. Там продолжали жить его родители, два брата и сестра. Прихватив с собой Кравченко, на автомашине отправились в путь.
В сумерках прибыли в Рокишкис. Подъехали к маленькому деревянному домику, окна которого были чуть выше уровня земли. Оконные рамы от ветхости покосились, домик наклонился набок и, казалось, вот-вот упадет. Яков Владимирович тихо постучал щеколдой. Прошло некоторое время, прежде чем дверь открылась. На пороге показалась небольшого роста, худенькая женщина. Она некоторое время пристально вглядывалась в обоих приезжих, а потом прошептала: «Сынок!» и повисла на шее Смушкевича. На крыльце появились отец, оба брата и сестра, им тоже не терпелось скорее обнять и расцеловать дорогого гостя. У дома сразу же собралось много людей. Яков Владимирович здоровался с соседями, обещал завтра со всеми встретиться. На следующий день в здании школы он выступил перед земляками. В честь его приезда был дан самодеятельный концерт.