20 января 1918 года Евгений Птухин был добровольцем записан в ряды Красной Армии. Перед отправкой на фронт ему предстояло пройти обучение на пулеметных курсах. Прибывший домой на побывку старший брат Василий договорился, чтобы Евгения направили служить в его летную часть, расположенную в Твери.
Младшего Птухина зачисляют мотористом в 3-ю Московскую авиагруппу. Молодой смышленый паренек быстро нашел общий язык с сослуживцами и стал незаменимым помощником в любом сложном ремонте. Особенно близко сошелся Евгений с мотористом Петром Пумпуром (будущий генерал-лейтенант авиации и Герой Советского Союза). Эта дружба и теплые отношения друг к другу сохранятся между ними всю жизнь.
В марте 1918 года шестнадцатилетний Евгений Птухин был принят в ряды Российской коммунистической партии. В составе Первого авиационного артиллерийского отряда он участвует в Гражданской войне. В ноябре 1918 года отряд был направлен на Южный фронт. Базировался в районе Обояни и поддерживал с воздуха наступление донецкой группы войск. Моторист Птухин обеспечивал ремонт и подготовку самолетов к боевым вылетам. Во время одного из налетов авиации противника был контужен от разрыва бомбы, сброшенной с самолета «Хевиленд».
Вскоре отряд был перебазирован на Юго-Западный фронт. Располагаясь на аэродромах в Сватово, Купянске, в составе 13-й армии участвует в боях в районе Александровска против войск барона Врангеля.
В конце мая 1920 года отряд был включен в центральную авиагруппу под командованием И.У. Павлова. В ее составе участвует в боевых действиях на Польском фронте.
Находясь рядом с выдающимися красвоенлетами И. Павловым, И. Спатарелем и другими, Евгений Птухин стремился быть похожими на них. Желание стать летчиком было для него единственной целью жизни.
После неоднократных рапортов командование пошло на встречу Птухину и направило его на обучение в Егорьевскую теоретическую школу. В первый же день по приезде Евгений узнал неприятную новость: всем поступающим в класс подготовки летчиков нужно сдать вступительные экзамены по русскому языку, алгебре и геометрии. Названия двух последних предметов ему вообще ничего не говорили. Неудивительно, что экзамены Евгений с треском провалил.
Учитывая военный опыт и ходатайство командования части, руководство школы зачислило Птухина в класс мотористов. Одновременно ему была поставлена задача ликвидировать пробелы в знаниях. Понимая, что с начальным образование ему не удастся стать летчиком, Евгений много времени и сил посвящает учебе.
В 1922 году Е. Птухин окончил школу мотористов и распоряжением Главвоздухфлота был назначен старшим мотористом Отдельной истребительной авиаэскадрильи № 2 в Подосинках. Командовал ею старый знакомый военлет И. Спатарель. Прибытию в часть такого опытного моториста командир был рад, а вот к его мечте стать летчиком отнесся прохладно. Но Евгений и не думал отступать. И вскоре он опять стал курсантом Егорьевской теоретической школы, но уже в летном классе.