В декабре 1923 года Птухин закончил обучение и был направлен в Липецкую летно-практическую школу. Здесь под руководством опытных преподавателей и наставников он осваивает самолет. После 30 полетов с инструктором 4 апреля 1924 года Евгений Птухин первым среди курсантов совершает самостоятельный полет на «Анрио Н-14». С каждым днем, с каждым полетом росли мастерство и уверенность в своих силах, и острое желание летать. Но неожиданно школу расформировали и всех учлетов направили на продолжение обучения в г. Борисоглебск.
После успешного окончания Борисоглебской школы летчик Птухин в числе двадцати лучших выпускников получил направление в Серпуховскую высшую школу стрельбы и бомбометания. Это был самый трудный период учебы в жизни Евгения. Почти ежедневно ему приходилось совершать полеты в зону, где проводились учебные воздушные бои и боевые стрельбы по наземным целям. После столь интенсивных тренировок полеты по маршруту казались отдыхом. Можно было расправить спину, смотреть только прямо, а не крутить головой во все стороны, как в воздушном бою.
Шесть месяцев пролетели незаметно. В конце 1924 года Е. Пту-хин закончил обучение и был направлен для прохождения службы в свою 2-ю авиаэскадрилью. По прибытии в штабе он увидел приказ: «2.12.1924. Поселок им. Михельсона. Прибывшего из Высшей авиационной школы воздушной стрельбы и бомбометания военле-та РККА т. Птухина Евгения зачислить в списки отдельной истребительной эскадрильи на должность военлета во 2-й неотдельный отряд и на все виды положенного довольствия с 1 -го декабря с.г. ... Командир эскадрильи в/л Спатарель, военком Пошеманский, нач. Штаба Маслов»{1}.
На выходе из штаба Евгения ждал приятный сюрприз — старый друг и проверенный товарищ Петр Пумпур. Им снова выпало служить вместе в одной части.
Потянулись дни напряженных тренировок, полетов, учебных воздушных боев. Авиация переходила на новые самолеты, и надо было в кратчайшие сроки не только их освоить, но и овладеть новой техникой пилотирования.
В июле 1925 года Е. Птухин, П. Пумпур и другие летчики эскадрильи принимают участие в подавлении бандитских мятежей, руководимых эсерами и меньшевиками. Бандиты сосредоточились в селах близ станции Ильинская Московско-Курской железной дороги. Жгли хлеб и дома активистов, расправлялись с сочувствующими советской власти.
Летчики эскадрильи совершали боевые вылеты на разведку, производили обстрелы и рассеивание банд. Полеты были сопряжены со смертельной опасностью. 11 июля во время одного из вылетов бандитам удалось подбить самолет. Летчик Седько был ранен, но сумел справиться с машиной и совершил вынужденную посадку. Видя это, бандиты бросились к нему. Превозмогая боль, летчику удалось скрыться, а самолет был сожжен бандитами.