О развале дисциплины и отсутствии должного порядка в Борисоглебской авиашколе правительство также узнало помимо т. Рычагова.
О нарушениях ВВС решений правительства, воспрещающих полеты на лыжах, правительство также узнало помимо ВВС...
ЦК ВКП(б) и СНК СССР постановляют:
1. Снять т. Рычагова с поста начальника ВВС Красной Армии и с поста заместителя наркома обороны, как недисциплинированного и не справившегося с обязанностью руководителя ВВС»{26}.
12 апреля 1941 года генерал-лейтенант П.В. Рычагов был зачислен на учебу в Военную академию Генерального штаба. Его кипучая натура не могла находиться без дела. В июне 1941 года он провел секретное инспектирование советско-германской границы, на предмет подготовки авиачастей к возможным боевым действиям. Но тучи уже начали сгущаться над его головой. В мае — июне 1941 года руководство НКВД развернуло новую кампанию по поиску врагов народа среди высшего генералитета. Факты, которые ранее трактовались как халатность, ошибки, упущения по службе, теперь рассматривались как вредительство и заговор с целью подрыва военной мощи страны. В списках «заговорщиков» числился и генерал-лейтенант Рычагов.
Известие о нападении фашистской Германии на Советский Союз Павел Рычагов встретил в одном из сочинских санаториев, где отдыхал вместе с женой Марией Нестеренко — известной военной летчицей. В тот же день его вызвали в Москву. Быстро собравшись, вечерним поездом они отправляются в столицу. 24 июня 1941 года на московском вокзале (по другим данным, на вокзале в Туле) Рычагова попросили зайти к военному коменданту. Там его ожидали люди в штатском. Рычагову был предъявлен ордер на арест, подписанный Б. Кобуловым, без санкции прокурора. Само постановление на арест было составлено лишь 27 июня 1941 года.
Днем 24 июня, прямо на летном поле аэродрома, арестовали его жену, известную военную летчицу, заместителя командира авиаполка особого назначения, майора Марию Нестеренко. Ей вменялось в вину, что «будучи любимой женой Рычагова, не могла не знать об изменнической деятельности своего мужа».
Начались допросы, очные ставки, избиения... Во время проводимого после войны расследования фактов репрессий в отношении высшего военного командования был допрошен бывший начальник Следственной части МВД СССР генерал-лейтенант Л.Е. Влодзимирский. На допросе 8 октября 1953 года он показал: «В моем кабинете действительно применялись меры физического воздействия... к Мерецкову, Рычагову... к Локтионову. Били арестованных резиновой палкой, и они при этом естественно стонали и охали. Я помню, что один раз сильно побили Рычагова, но он не дал никаких показаний, несмотря на избиение»{27}.