И вот юный Николай Пржевальский, привыкший к вольной жизни, попал в армейскую обстановку. Он был принят унтер-офицером в Рязанский пехотный полк. Вскоре полк из Москвы выступил в поход через Калугу в Белев, где Пржевальский попал в особую юнкерскую команду.
На 16-летнего юношу полковая жизнь произвела гнетущее впечатление. Бессмысленная разгульная жизнь офицеров, их жестокое обращение с солдатами привели к разочарованию в армейской службе. Он писал впоследствии, что пять лет, проведенных в полку, совершенно изменили его прежние взгляды на жизнь и людей.
В ноябре 1856 г. Пржевальского произвели в прапорщики и перевели в Полоцкий полк, который стоял в Смоленской губернии. Офицеры и здесь предавались кутежам, игре в карты, заставляли солдат воровать продовольствие у местного населения. Пржевальский не без увлечения играл в карты, однако пить отказывался категорически. Ротный командир, отъявленный пьяница, заставляя его пить, уговаривал, стыдил, грозил, но, натолкнувшись на твердый отказ, сказал: "Из тебя, брат, прок будет!"
Свою неудовлетворенность военной службой Пржевальский компенсировал чтением книг, охотой, сбором растений тех мест, где он бывал.
За годы службы в полку Пржевальский ясно осознал, что надо избрать другое поле деятельности, где бы труд и время не пропадали даром. Детская мечта о путешествиях превращается в цель жизни. Путешествовать, исследовать никому еще неведомые страны - вот чему стоит посвятить жизнь!
В то время многие европейские путешественники занимались исследованием Африки. Об их экспедициях и открытиях печатались отчеты в газетах, выходили книги. И Н. М. Пржевальский тоже сначала задумал поехать в Африку. Но в 1856 - 1857 гг. Петр Петрович Семенов открыл для науки огромную горную страну Тянь-Шань, лежащую на южной границе России. А что за Тянь-Шанем, во Внутренней Азии? Это была неведомая для европейцев огромная страна. Пржевальский загорелся желанием исследовать ее. Эта цель была более реальной, чем исследования в Африке. Попасть во Внутреннюю Азию, конечно, легче всего из Сибири. И Пржевальский подает начальству просьбу о переводе его на Амур. Однако вместо ответа его сажают под арест на трое суток. Он приходит к убеждению, что порвать с полковой службой можно, поступив в Академию Генерального штаба армии, получив высшее военное образование.
В 1860 г. Полоцкий полк переводят в Волынскую губернию, в город Кременец. Здесь Пржевальский прожил одиннадцать месяцев, усиленно готовясь к экзаменам в академию и в то же время изучая труды по ботанике, зоологии, географии, пополняя свой багаж будущего исследователя природы. Свободное от занятий время он посвящал охоте, знакомству с живописными окрестностями города, в первую очередь с Кременецкими горами - отрогами Карпат.