Наконец в августе 1861 г. Николай Михайлович едет в Петербург, в Академию Генштаба. Экзамены сданы на отлично. Опостылевшая армейская служба позади.
При переходе на второй курс Пржевальский написал работу "Военно-географическое обозрение Приамурского края". Выбор темы был не случаен. Николай Михайлович уже длительное время изучал литературу по географии Азии, особенно интересуясь мало изученными территориями, в частности Дальним Востоком. Недаром в Полоцком полку он подавал прошение о переводе на Амур. При составлении описания Приамурского края пригодились его знания по разным наукам, умение ориентироваться в литературных источниках, логически излагать свои мысли. Свою первую научную географическую работу Пржевальский выполнил столь хорошо, что за нее Русское географическое общество в феврале 1864 г. избрало его своим действительным членом.
В академии Пржевальский пробыл всего полтора года, так как в связи с восстанием в Польше в мае 1863 г. состоялся досрочный выпуск слушателей. Николай Михайлович получил чин поручика и отправился снова в Полоцкий полк. Здесь он прослужил десять месяцев. Свободного времени у него было много, и он возобновил усиленные занятия по зоологии, ботанике, географии, чтобы лучше подготовиться к будущим исследованиям, мысли о которых он не оставлял.
Стремясь применить свои познания в географии и в то же время иметь больше возможностей для углубленного изучения дисциплин, необходимых путешественнику-исследователю, Пржевальский решает перейти на работу в какое-нибудь военное учебное заведение.
По ходатайству друзей из Академии Генштаба его в конце 1864 г. назначают в Варшавское юнкерское училище дежурным офицером и преподавателем истории и географии. В своей автобиографии он пишет: "Здесь в течение двух лет и нескольких месяцев я в уверенности, что рано или поздно, но осуществлю заветную мечту о путешествии, усиленно изучал ботанику, зоологию, физическую географию и пр., а в летнее время ездил к себе в деревню, где, продолжая те же занятия, составлял гербарий. В то же время читал я публичные лекции в училище по истории географических открытий трех последних веков и написал учебник географии для юнкеров... Вставал я очень рано и почти все время, свободное от лекций, сидел за книгами, так как, подав прошение о назначении меня в Восточную Сибирь, уже наметил план своего будущего путешествия"*.
_______________
* П р ж е в а л ь с к и й Н. М. Автобиографический рассказ, с. 481.
Пржевальский оказался прекрасным лектором. Он мог цитировать на память обширные выдержки из трудов классиков науки. Вскоре он завоевал симпатии слушателей, особенно своими лекциями по истории географических открытий.