.
Эта кампания не миновала и Министерство Вооруженных Сил. До поры до времени лишь военные испытания заставляли Сталина, скрипя зубами, мириться со строптивостью ряда высших военных, без которых Верховный Главнокомандующий просто не мог бы обойтись. Но едва военная гроза отшумела, почувствовавшим «излишнюю» свободу военачальникам сразу напомнили, кто в доме хозяин. В стане сухопутчиков главный удар был нанесен по маршалу Г.К. Жукову. Авиаторов заставили «откупиться» фигурой главного маршала авиации А.А. Новикова. За моряков ответили адмирал флота Н.Г. Кузнецов и несколько других флотоводцев, стоявших на капитанском мостике советского ВМФ в годы войны.
Нарком и одновременно главком ВМФ своей компетентностью, независимым характером и нежеланием угодничать явно диссонировал со сталинским окружением и вызывал все большее раздражение у стареющего вождя. На все у Кузнецова было, видите ли, свое мнение. Когда по окончании войны заместитель Сталина по Наркомату обороны Н.А. Булганин предложил план реорганизации системы управления Вооруженными Силами, при которой права наркома ВМФ как главнокомандующего по отношению к флотам значительно сокращались, адмирал аргументированно выступил против. Он, конечно, понимал, что булганинский план до последней запятой составлен по указаниям Сталина, но интересы дела были для него выше соображений личного спокойствия.
Что такое быть наркомом и не иметь полноты власти в оперативном управлении флотами, Николай Герасимович ощутил еще в годы минувшей войны. Вопреки логике, нарком аж до весны 1944 г. не являлся главнокомандующим ВМФ. С началом боевых действий флоты были оперативно подчинены военным советам тех фронтов, которые действовали на приморских направлениях. Общее руководство применением войск действующих фронтов и сил флотов осуществлялось Генеральным штабом, который по идее должен был работать с Главным Морским штабом в тесной увязке.
Практика, однако, показала, что Генштабу (особенно в первый период войны) было не до моряков. Как в апреле 1943 г. докладывал наркому начальник Оперативного управления ГМШ контр-адмирал В.Л. Богденко, Генштаб ни разу не сориентировал их по вопросам планирования боевых действий, из-за чего было крайне затруднительно ставить задачи флотам, рассчитывать нужное для той или иной операции количество кораблей и вооружения, вести строительство баз и аэродромов.
Почти на протяжении всей войны Кузнецов боролся за исправление этого ненормального положения. В декабре 1943 г. он доложил Сталину о том, что командующие фронтами и армиями, ставя задачи оперативно подчиненным им флотам и флотилиям на совместные операции, не только не согласовывают свои действия с ГМШ, но даже не считают нужным ставить его в известность о планируемой операции. Он предлагал установить твердый порядок, в соответствии с которым все оперативные директивы флотам исходили бы только из Ставки, а значит, проходили бы через него, наркома, и ГМШ.