Павлов, еще не зная об отстранении от должности, выехал по вызову вождя в Москву. Генерал пробыл в столице несколько дней, встретившись лишь с начальником Генштаба генералом армии Г.К. Жуковым. Сталин его не принял и лицемерно приказал возвращаться "туда, откуда приехал", хорошо зная, что бывший командующий до штаба фронта не доедет. 4 июня по дороге в Гомель, где к тому времени размещался штаб Западного фронта, Павлов был арестован. Процедуру ареста контролировал Мехлис. Ему же было поручено определить круг лиц из командного состава фронта, которые вместе с бывшим командующим должны были предстать перед судом, и сформулировать правдоподобное обоснование расправы над ними. По образцу 1937 года, чтобы надежнее отвести вину от вождя, Мехлис сфабриковал групповой "заговор".
6 июля 1941 г. начальник ГУПП собственноручно составил на имя Сталина телеграмму, подписанную также командующим фронтом маршалом С.К. Тимошенко и еще одним членом военного совета фронта первым секретарем ЦК КП(б) Белоруссии П.К. Пономаренко. В ней сообщалось, что "Военный совет установил преступную деятельность ряда должностных лиц, в результате чего Западный фронт потерпел тяжелое поражение", и назывались фамилии арестованных военачальников. Кроме указанных выше генералов В.Е. Климовских, Н.А. Клича, А.Т. Григорьева и А.А. Коробкова, в этот проскрипционный список попали заместитель командующего ВВС фронта генерал-майор авиации А.И. Таюрский (командующий ВВС Герой Советского Союза генерал-майор авиации И.И. Копец под влиянием известий о тяжелых потерях авиации фронта покончил жизнь самоубийством в первый же день войны), командир 9-й смешанной авиационной дивизии Герой Советского Союза генерал-майор авиации С.А. Черных, командир 42-й стрелковой дивизии генерал-майор И.С. Лазаренко, командир 14-го механизированного корпуса генерал-майор С.И. Оборин и некоторые другие лица, занимавшие менее высокое служебное положение.
Сталинский посланник, зная, что никакая жестокость не будет его покровителем считаться излишней, действовал грубо, подтасовывал факты, не заботясь даже о тени законности. О его «объективности» при определении круга виновных свидетельствует хотя бы судьба генерал-майора А.А. Коробкова. По воспоминаниям генерал-полковника Л.М. Сандалова, встретившего войну начальником штаба 4-й армии, она «хотя и понесла громадные потери, но все же продолжала существовать и не потеряла связи со штабом фронта». Почему же осудили именно Коробкова? Сандалов объяснял так: «К концу июня 1941 года был предназначен по разверстке (! —Ю.Р.) для предания суду от Западного фронта один командарм, а налицо был только командарм 4-й армии. Командующие 3-й и 10-й армиями находились в эти дни неизвестно где, и с ними связи не было. Это и определило судьбу Коробкова»