Крупнейшим недостатком в подготовке к войне стало отсутствие к ее началу готовой системы стратегического управления Вооруженными Силами. В спешке, после несколько реорганизаций были сформированы Государственный Комитет Обороны и Ставка Верховного Главного Командования, не сразу определилась кандидатура Верховного Главнокомандующего. Права и обязанности высших должностных лиц государства и руководителей Наркомата обороны, Генштаба не были четко регламентированы. Гражданские лица, вроде В.М. Молотова или Л.П. Берии, опираясь на свое положение в государственной иерархии, считали нормальным вмешиваться в оперативное управление войсками.
Со своей стороны, Сталин по привычке к самовластию не придерживался никакой субординации и не считался с давно отработанной в военной среде системой выработки и исполнения приказов и директив. Многие решения принимались им единолично и из-за слабой оперативно-стратегической подготовки были весьма неудачными.
Таковой оказалась уже первая директива военным советам фронтов от 22 июня 1941 г., требовавшая вопреки реально складывавшейся обстановке нанести контрудары по вторгшемуся на советскую землю противнику. В условиях потери управляемости, значительного превосходства противника наши войска не могли подготовить такие контрудары и терпели крупные поражения, неся огромные потери. Подобные примеры можно множить и множить.
Вот один из них. Как писал адмирал Н.Г. Кузнецов, Верховный, намечая, например, высадку десанта в Керчи в конце 1941 г., не посчитал необходимым предварительно обсудить план операции с флотским руководством, определить потребность в материальных средствах, наметить реальные сроки готовности. Такого рода действия адмирал объяснял пренебрежением Сталина к мнению профессионалов при его собственной явно недостаточной компетенции.
Заслуживают внимания и более широкие обобщения Н.Г. Кузнецова относительно отсутствия четкой системы организации государственного руководства. Поэтому, замечал бывший нарком ВМФ, оно шло в основном «распорядительным порядком», из кабинета вождя, принимаемые решения диктовались не заранее продуманной долгосрочной программой, а в основном складывающейся в тот или иной момент обстановкой. Так было в финскую войну, так руководство осуществлялось и в первый период Великой Отечественной войны.
Критически оценивая вождя, Н.Г. Кузнецов в то же время сохранял неизменно присущую ему объективность. Словно отвечая на нападки бывших сталинских сподвижников, готовых после марта 1953 г. повесить на бывшего кумира всех «собак», он писал: «Слишком просто и легко объяснить все лишь культом личности Сталина. Многие из нас повинны, хотя бы в том, что молчали там, где положение требовало высказать свое мнение. За такую пассивность многие расплачивались сами, когда доходила до них очередь»