Свои предположения де Ланда строит на основании того, что обнаруженные кости оказались необычайно крупными, да и ступени на пирамидах имели такие размеры, будто были специально рассчитаны на людей более крупной расы. Хотя мы и не можем слепо верить в рассказы де Ланда о размерах найденных им костей, однако последние исследования скелетов майя, живших за столетия до миссионера, действительно указывают на то, что они в основном были крупнее своих потомков эпохи испанской конкисты. И, конечно же, считать де Ланда «археологом» можно с большой натяжкой — ни знаний, ни опыта в этой области у него не было, поэтому относительно достоверными мы можем считать лишь те его сведения, которые способны проверить сегодня. В чем де Ланда точно не ошибся, так это в том, что все здания были построены далекими предками современных ему майя.
Город Исамаль, расположенный между Меридой и Чичен-Ицой, — самый крупный центр из описанных де Ланда. Миссионер писал, что город может похвастаться одиннадцатью или двенадцатью пирамидами и храмами «просто изумительной высоты и красоты». Исамаль стал главной базой миссионерской деятельности де Ланда, и именно здесь, по его словам, «индейцы вынудили нас своим упрямством основать в 1549 году в строении, которое мы назвали Сан-Антонио, часовню, оказавшую нам огромную помощь в обращении индейцев в христианскую веру». Францисканцы, в конце концов, простроили свою церковь на фундаменте разрушившегося древнего здания майя, перетащив для строительства каменные блоки, выломанные из соседних пирамид. Эта церковь, дошедшая до наших дней, ничем не примечательна, если не считать того, что широкая, обращенная на запад мостовая, ведущая к дворику под сводчатой галереей, была сконструирована лично де Ланда. Он мыслил, что эту мостовую заполнят толпы новообращенных индейцев, спешащих на церковную службу. Однако мечтам миссионера не суждено было сбыться еще долгое время. Испанцы отчего-то решили, что, разрушив одну культуру, они смогут на ее обломках быстро построить другую. Они ошиблись. Вырвать с корнем языческие верования не удалось.
К 1562 году де Ланда и его соратникам стало ясно, что их надежды на окончательную христианизацию туземного населения не оправдались. В тот год миссионеры обнаружили несколько пещер, где майя отправляли свои ритуалы и даже продолжали практику человеческих жертвоприношений.
В итоге в отношении местного населения была развязана кровавая оргия пыток и убийств. Всю полноту ужаса испытал на себе маленький городок Мани, истязаемый испанской инквизицией в течение трех месяцев. Всякий вероотступник, на которого указывал любой из братьев-францискан-цев, немедленно подвергался наказанию: в лучшем случае избиению плетьми, а в худшем — его сжигали на костре.