Но в 147 г. до и. э. в Сирию прибыл сын Деметрия и напал на Баласа. Сын стал Деметрием II и враждебно относился к Маккавеям, которые поддержали и поневоле продолжали поддерживать Баласа. Преданная Деметрию армия расположилась лагерем в том месте, где когда- то была земля филистимлян, и он вызвал Ионатана на битву. Ионатан в том же году принял вызов, и произошло сражение у Ацота, библейского Ашдода.
Впервые маккавейская армия была достаточно многочисленной, чтобы воевать не так, как воюет партизанский отряд — неожиданно нападая из засады, а организованно вступить в настоящее сражение. И она победила. Отныне Маккавеи, управляемые Ионатаном, контролировали земли по обе стороны Иордана площадью около 800 квадратных миль.
В 145 г. до н. э. Деметрий II все-таки победил Баласа в сражении, обратил его в бегство, и тот погиб, но империя Селевкидов к тому времени уже не представляла никакой угрозы. Гражданские войны, после смерти Антиоха IV продолжавшиеся восемнадцать лет почти непрерывно, доконали империю. Весь Восток, включая долину Тигра — Евфрата, стал теперь самостоятельным царством Парфией (которым правил народ, близкий к персам). Селевкидам осталась только Сирия.
Деметрий II понял, что его власть настолько мала, что он уже не сможет одолеть армию Маккавеев. На самом деле ему нужна была помощь в борьбе против собственных врагов. Ионатан такую помощь предложил, пообещав, что пошлет отряд хорошо обученных еврейских наемников на службу к Деметрию, если тот сдаст укрепленные пункты, окружавшие Иерусалим. Деметрий согласился, принял наемников, использовал их для укрепления своей власти в Антиохии, а потом отказался оставить свои укрепленные пункты.
Рассерженный Ионатан ждал неизбежного — новых династических дрязг. В 143 г. до н. э. военачальник по имени Трифон, сославшись на мальчика, который был объявлен сыном Баласа и которого провозгласили Антиохом VI, поднял восстание против Деметрия II. Ионатан тут же предложил свою помощь новому претенденту.
Но Трифону надоело идти окольными путями, прикрываясь именем ребенка, и он планировал убить Антиоха VI. Однако таким образом можно было потерять расположение Ионатана, который на тот момент был самым сильным его сторонником. Поэтому Трифон решил сначала ввергнуть государство Маккавеев в хаос. Он пригласил Ионатана на встречу в царскую резиденцию Птолемаиду, расположенную в 85 милях севернее Иерусалима. Ионатан, очевидно польщенный тем, что селевкидская власть оказывает ему такое уважение, позволил завлечь себя с очень маленьким отрядом воинов в этот город. Его схватили и убили. Это случилось в 142 г. до н. э.