Поэтому для евреев это было не самое удачное время для династических споров. Тем не менее они разгорелись. Когда в 67 г. до н. э. Саломея Александра скончалась, ее младший сын Аристобул II решил при поддержке саддукеев свергнуть с трона своего старшего брата. Поначалу он одержал победу и добился и трона, и сана первосвященника.
Но на стороне Иоанна Гиркана II выступил правитель Идумеи Антипатр, который и сам был идумеем. По вере он был, конечно, евреем, но между Иудеей и Идумеей велась длительная вражда (корнями уходившая к древним Иуде и Эдому), и иудеи никогда не забывали, что Антипатр идумей.
Оказавшись на стороне проигравшего, Аптипатр решил просить помощи у иноземцев, а именно у набатейских арабов. Набатеи с большой охотой согласились и вскоре осадили Иерусалим. Теперь в неприятном положении оказался Аристобул II. Когда в гражданской войне одна сторона призывает на помощь иноземцев, другая, если может, практически всегда делает то же самое. Аристобул позвал на помощь Рим.
В это время на востоке находился новый римский военачальник Пней Помпей Магнус. В 65 г. до н. э. Помпей нанес окончательное поражение Понту. Теперь вся Малая Азия оказалась в руках Рима, и, хотя там еще оставались некоторые области со своими монархами, те хорошо знали, что и чихнуть не посмеют без разрешения Рима.
Затем Помпей повернул на юг. К тому времени от когда-то могущественной империи Селевкидов оставался последний фрагмент — расположенное вокруг Антиохии Сирийское государство. Его пятидесятилетняя история не знала ничего, кроме наследственной вражды между членами царского дома. Теперь в городе правил некто назвавший себя Антиохом XIII. Помпей положил конец этой комедии в 64 г. до н. э. Он присоединил Сирию к Риму в качестве провинции, и империя Селевкидов прекратила свое существование.
Когда Помпей находился в Сирии, он получил от Аристобула просьбу о помощи. Помпей сразу же направил в Иудею посланца с приказом заключить перемирие. Затем сам пришел туда во главе римской армии. Там он не спеша занялся подготовкой к осаде, сооружая насыпь, по которой подтягивали осадные орудия к стенам основной цитадели. Помпей очень удачно использовал Шаббат — день, в который евреям ничего нельзя делать, только отдыхать, и спокойно устанавливал свои орудия на позициях. И после этого провел решающую атаку, и тоже в Шаббат. Иерусалим пал, а с ним пришел конец и Маккавейскому царству. Менее чем через восемьдесят лет с начала его существования и всего лишь через сто лет после того, как Маттафия начал восстание против Антиоха IV, Иудея стала римской провинцией.