Мысли присутствовавших на погребении нашли выражение в стихах брата профессора Миттаг-Леффлера поэта Фрица Леффлера «На смерть С. В. Ковалевской»:
Душа из пламени и дум!
Пристал ли твой корабль воздушный
К стране, куда парил твой ум,
Призыву истины послушный?
Прощай! Тебя мы свято чтим.
Твой прах в могиле оставляя:
Пусть шведская земля над ним
Лежит легко, не подавляя
Прощай! Со славою твоей
Ты, навсегда расставшись с нами.
Жить будешь в памяти людей
С другими славными умами,
Покуда чудный звездный свет
С небес на землю будет литься
И в сонме блещущих планет
Кольцо Сатурна не затмится.
К месту последнего прибежища, к Новому кладбищу, гроб «нашего профессора Сони», как называли шведы русскую ученую, провожали все жители Стокгольма. Торжественная и печальная процессия достигла кладбища только к трем часам дня.
На холме Линдхаген, у края могилы, потрясенный Г. Миттаг-Леффлер прощался со своим товарищем от имени Стокгольмского университета, от имени работников на математическом поприще во всех странах, близких и далеких друзей и учеников. Он благодарил Ковалевскую «за глубину и ясность, с которой она направляла умственную жизнь юношества… за сокровища дружбы, которыми она оделяла всех близких ее сердцу».
Максим Ковалевский, которому Миттаг-Леффлер сообщил о болезни Софьи Васильевны, не застал в живых своего друга. Ему, такому же бесприютному сыну России, как и славная ученая, выпала печальная честь произнести последнее слово привета от тех соотечественников Ковалевской, с которыми была она всегда связана чувствами, мыслями и делами.
— Софья Васильевна! — сказал он. — Благодаря вашим знаниям, вашему таланту и вашему характеру вы всегда были и будете славой нашей родины. Недаром оплакивает вас вся ученая и литературная Россия. Со всех концов обширной империи, из Гельсингфорса и Тифлиса, из Харькова и Саратова, присылают венки на вашу могилу.
Вам не суждено было работать в родной стране, и Швеция приняла вас. Честь этой стране, другу науки! Особенно честь молодому Стокгольмскому университету! Но, работая по необходимости вдали от родины, вы сохранили свою национальность, вы остались верной и преданной союзницей юной России, России мирной, справедливой и свободной, той России, которой принадлежит будущее. От ее имени прощаюсь с вами в последний раз!
Могильный холм покрылся цветами и венками. Через пять лет на нем был установлен памятник из черного финляндского гранита, сделанный на деньги, которые собрал по подписке Комитет общества для доставления средств Высшим женским курсам.
Россия новая, прогрессивная откликнулась на смерть Ковалевской траурными собраниями, заседаниями, выступлениями в печати. 19 февраля 1891 года Московское математическое общество созвало заседание, посвященное памяти С. В. Ковалевской, состоявшей членом общества с 1881 года. В докладах А. Г. Столетова, П. А. Некрасова и H. E. Жуковского была дана высокая оценка научной деятельности женщины-математика. Ученые отмечали большой талант Ковалевской, которая «глубоко проникала в существующие методы науки, искусно пользовалась ими и развивала их, делая совершенно новые, блестящие открытия, и легко справлялась с громаднейшими затруднениями». H. E. Жуковский сообщил о своей встрече с французским математиком Анри Пуанкаре, который рассказал, что Ковалевская работала над расширением открытого ею случая и надеялась разрешить задачу о движении при центре тяжести, лежащем на плоскости экватора эллипсоида инерции. «К сожалению, — заключил свое выступление Жуковский, — ранняя смерть положила предел всем этим надеждам и лишила нас соотечественницы, которая немало содействовала прославлению русского имени».