С этой поры, как говорила потом Ковалевская, она «почувствовала настолько сильное влечение к математике, что стала пренебрегать другими предметами».
Гувернантка целый день не спускала глаз со своей воспитанницы. Девочке приходилось прибегать к хитрости. Отправляясь спать, она брала с собой «Курс алгебры» Бурдона, написанный для Парижского института путей сообщения, прятала книгу под подушкой, а когда все засыпали, читала ее, стоя босая, в одной рубашке, возле лампады или ночника.
Увидев, что ученица начинает увлекаться математикой, Малевич обеспокоился и обратился к Василию Васильевичу;
— Хотя Соня проявляет необыкновенные способности во всех науках, мне кажется, что сильная любовь ученицы к математике может привести к результатам нежелательным. Без совета и одобрения отца я не считаю себя вправе продолжать такое быстрое изучение этой науки.
Василий Васильевич пожал руку учителя и сказал, что «благодарит от души за его труды с любимой дочерью. Он не тревожится, но радуется всем сердцем, что Соня так сильно отличила математику, любимый предмет отца ее», — и попросил продолжать занятия.
Однажды сосед по имению — известный профессор морского корпуса Николай Никанорович Тыртов — привез Василию Васильевичу в подарок свой «Элементарный курс физики». Девочка взяла книгу к себе в комнату и стала читать. В разделе оптики ей встретились тригонометрические понятия — синусы, косинусы, тангенсы. «Что же такое синус?» — недоумевала она и попросила Малевича объяснить, что это. Но учитель стоял за систематичность и последовательность обучения, а потому, ответил, что не знает.
С упорством, свойственным ей с детства, ученица попыталась сама, сообразуясь с имевшимися в книге формулами, объяснить себе незнакомые понятия: Она пошла тем же путем, который был исторически проложен, то есть вместо синуса брала хорду. Для малых углов эти величины почти совпадают друг с другом. У Тыртова же во все формулы входили только бесконечно малые углы.
Спустя некоторое время Николай Никанорович Тыртов снова приехал в Палибино. Соня важно заговорила с ним о достоинствах его книги и сказала, что прочла ее с большим интересом. Профессор, насмешливо оглядев стоявшую перед ним девчушку, добродушно произнес: «Ну вот и хвастаетесь!»
Соня вспыхнула и сказала, каким путем дошла до объяснения тригонометрических формул. Пораженный профессор вскочил с места, побежал к Василию Васильевичу и заявил, что Соню необходимо учить математике серьезно, ибо она — новый Паскаль!
«…Сама того не сознавая, — рассказывал позже ее брат Федор, — она как бы вторично создала целую отрасль науки — тригонометрию. Живи она несколько сот лет раньше и сделай то же самое, этого было бы достаточно для того, чтобы потомство поставило ее наряду с величайшими умами человечества. Но в наше время труд ее, хотя и не имевший непосредственно научного значения, тем не менее обнаруживал в ней дарование, совершенно выходящее из ряда обыкновенных, в особенности если принять во внимание, что он исходил от 14-летней девочки!»