Трофейные «юнкерсы» эксплуатировались также ведомственной авиацией. В июне – августе 1945 г. экипажи Московской группы Управления полярной авиации (УПА) перегнали из Германии один самолет на колесах и один на поплавках. На заводе № 477 в Красноярске для них спроектировали систему обогрева кабин и новые капоты моторов. Сконструировали, изготовили и с «положительным результатом» испытали лыжи. «Юнкерс» с номером Н-380 довольно долго служил в Игарской авиагруппе. За 1946 г. полярные Ю-52 налетали 351 час. Последний из них списали в начале 1949 г.
Самолет авиации МВД, приданный Ухтакомбинату. Обратите внимание на зашитый проем, оставшийся от «гнезда кондора» над кабиной, и советский радиополукомпас РПК-2 в каплевидном обтекателе
Немецкими самолетами располагал также НКАП (позднее МАП). Первые Ю-52 наркомат получил в начале 1943 г. Эти машины обеспечивали срочную перевозку комплектующих с одного завода на другой. В апреле 1947 г. у министерства имелось шесть «юнкерсов», позднее парк увеличился за счет передачи техники из ГВФ и ВВС. На 1 октября того же года в него входили уже десять Ю-52. Их списание началось со следующего года. На 1 января 1950 г. в строю оставалось пять машин. Все их списали в 1-м квартале следующего года.
Некоторое количество самолетов имелось в авиации МВД. Они обслуживали лагеря в отдаленных районах. Например, в апреле 1947 г. в авиаотряде Норильского комбината (подчинявшегося Главному управлению лагерей металлургической промышленности) работали два Ю-52. Но и здесь от них старались избавиться. К апрелю 1949 г. в системе МВД остался один «Юнкерс», в начале 1950 г. списали и его.
Министерство рыбной промышленности западных районов в апреле 1947 г. располагало одним самолетом, базировавшимся на Измайловском аэродроме в Москве. К началу 1949 г. три такие машины эксплуатировал трест «Севрыба» в Архангельске. К 1 апреля из них летала только одна.
К 1951 г. ни одного Ю-52 в советской авиации не осталось.
В ноябре 1936 г. правительство Португалии обратилось в Берлин с просьбой продать десять «юнкерсов». Немцы поставили им партию Ju 52/3mg3e под обозначением Ju 52К. Машины были доставлены морем из Гамбурга в 1937 г. Ими вооружили бомбардировочную эскадрилью на аэродроме Синтра. Позднее эту часть перевели на Азорские острова, где ее и расформировали в январе 1944 г. Самолеты перелетели на материк и были законсервированы на базе Ота.
В сентябре 1950 г. португальцы приобрели в Норвегии два трофейных Ju 52/ 3mg7e. Самолеты перегоняли по воздуху через Копенгаген и Брюссель. В конце 1960 г. парк пополнился 15 французскими ААС.1. Машины получали в Оране (Алжир), а затем совершили на них перелет в Лиссабон с промежуточной посадкой в Севилье. Эти «юнкерсы» служили в качестве транспортных. Их использовали также для обучения парашютистов. Последний из них «дожил» до 1968 г.