Для улучшения управляемости легионов в бою Марий провел и еще одну важную реформу — учредил значки легионов, когорт, манипулов и центурий. Знаками легионов стали знаменитые орлы (первоначально серебряные). В обычной манере древности, значки были сакрализованы: в легионах устанавливался специальный культ своего орла, легион, утративший орла, расформировывался и это название никогда более не появлялось в списке римских легионов.
Содействие легиону, как и прежде, оказывали выставляемые зависимыми общинами вспомогательные войска (auxilia). После Второй Пунической войны в составе римской армии появляются контингенты подвластных племен неиталийского строя (балеарские пращники, ну индийские всадники, галлы, испанцы), а после Союзнической войны только они и имеются в виду под вспомогательными войсками, так как контингенты италийцев вливаются в состав легионов. Именно вспомогательные войска должны были содействовать легионам легковооруженными и конницей.
Период Гражданских войн, которым закончилась эпоха Республики, много дал с точки зрения полководческого искусства (чего стоит одно имя Цезаря), но с точки зрения военной организации не принес существенных новаций.
В качестве тенденций данного периода можно отметить рекордный рост численности армий (возможно, отчасти объясняемый тем, что контингенты италиков перешли в разряд легионов) — например, на стороне Суллы сражалось 23 легиона, а в год битвы при Акции число легионов обеих сторон вместе взятых равнялось 75, а также продолжающуюся профессионализацию армии. Профессионализация коснулась и высшего командного состава. Все наиболее знаменитые полководцы конца Республики командуют своими армиями по много лет и повсеместно утверждаются практика брать в легаты (помощники) уже опытных военных и передавать им командование легионами, не доверяя его военным трибунам. Растет и значение центурионов — так, Цезарь многократно упоминает о роли рекомендаций центурионов на военном совете в своих «Записках о Галльской войне». Один из центурионов Цезаря, Гай Фуфиций Фангон, даже стал сенатором — явление, совершенно немыслимое в предшествующую эпоху. Растет жалование войскам — Цезарь устанавливает в своей армии жалование в 150 денариев для простого легионера и 300 для центуриона (вместо обычных в предшествующий ему период 75 денариев).
Однако если римская тактическая организация имела явное преимущество над всеми соседями (кроме, разве что, парфян) и римские полководцы не испытывали серьезной потребности что-либо в ней менять, то военная система в целом оказалось чрезвычайно тесно связана с социально-политической организацией Республики, и, как и она, оказалась не приспособлена к превращению полиса в мировую империю, будучи подвержена тем же кризисам. «Марианские» солдаты, набиравшиеся из пролетариата, были вовлечены во все социально-экономические беды государства и надеялись получить от военной службы удовлетворение своих чаяний. При этом мало что связывало их с традиционным устройством Республики. Солдаты все более становились преданы своим полководцам, а не Республике, и римляне все больше сражались друг с другом, а не с внешним врагом. И хотя все угрозы извне и отражались даже в годы Гражданских войн, несостоятельность этой организации стала ко времени битвы при Акции всем очевидной.