Как и в Киеве, в Кафе соседствовали две иудейские общины: раввинистов и караимов. Первых крымские татары называли «зюлюфлю чуфутлар», то есть евреи с пейсами, вторых — «зюлюфлюз чуфутлар» — евреи без пейсов. Крымские караимы или карай представляли собой особую этнолингвистическую группу не только со своей религией, но и с собственным языком тюркского происхождения. Их происхождение до сих остается тайной. По всей вероятности, предками этого некогда сильного и многочисленного народа были хазары.
Караимы вели сезонный образ жизни, весной уходили в сады и виноградники, откочевывали со стадами в горы, а осенью возвращались в свои поселения. Главной национальной святыней крымских караимов считается крепость Чуфут-Кале (Еврейская скала).
Отсюда при великом князе Литовском Витовте началось их переселение по городам Литвы, Волыни и Подолии.
Религия крымских караев — это причудливое переплетение остатков язычества, иудаизма в аннанитской версии и ислама. У караев сохранился культ священных дубов родового кладбища, их называли «Балта-Тиймэз» — «да не коснется топор». Некогда они веровали в Единого Бога Неба — Тэнгри. Тэнгрианство с его единобожием и верой в зависимость судьбы от поступков человека облегчило караям понимание нравственных положений Ветхого Завета и принятие учения Анана. Их любимое присловье звучало так: «Кысмет болса» — если судьбе будет угодно.

Крымские караимы были тесно связаны с Византией, где в ходе массового переселения евреев из Европы появляется много ученых, среди которых выделялся знаменитый раввин Куматяно, живший в середине пятнадцатого века. Он изучал математику, астрономию, механику и естественные науки. Кроме того, Куматяно занимался толкованием Библии и считал, что естественные науки необходимы для понимания Священного Писания. «Комментарий мой, — говорил ученый раввин, — основан на началах филологии и уяснении законами логики; где нужно, есть указания на науки естественные, а при случае и на астрономию. Точно так же не чужд он наук математических и теологии. Кроме того, я стараюсь не удаляться от надлежащего смысла текста, не увлекаясь при этом никакими авторитетами, разве только в необходимых случаях, где я имею дело с традицией, освященной веками». По мнению Куматяну, в воспитании юноши одно из первых мест должны занимать науки математические, особенно астрономия, в связи с науками естественными. И действительно, в это время евреи не занимались никакою другою наукой так усердно, как астрономией. Этому много способствовал сам иудаизм, так как определение новолуний, праздничных циклов и календарной системы должно быть основано на прочных астрономических знаниях.