Приструнив псковичей, Геннадий впредь постарался не выпускать из поля зрения ненадежный город. Он помнил, что именно здесь зародилась ересь стригольников. Истовые в вере, псковичи были нетерпимы к мздоимству и прочим грехам духовенства, и теперь владыка опасался, что стригольническая ересь может сюда вернуться. Но оказалась, что другая ересь, куда более опасная, свила гнездо буквально под самым его носом. Наткнулся на нее архиепископ Геннадий, можно сказать, случайно.
…С отъездом из Новгорода ересиарха Захарии Скары, а затем и первых «пришельцев врат» Алексея и Дениса, ересь в Новгороде не то чтобы заглохла, а как-то выродилась. Лишившись своих наиболее образованных членов, кружок вольнодумцев постепенно превратился в тайное сборище хулителей традиционного православия и церковных порядков. Дело усугубилось русским пьянством.
На очередной еретической сходке священнослужители Григорий, Герасим, Гридя, Наум и Самсон сильно напились и перессорились друг с другом. Скандал получился шумным, о нем прознал владыка Геннадий и потребовал виновных к ответу. Испугавшись доноса своих собутыльников, один из еретиков, поп Наум, сам поспешил выложить владыке все, что знал о ереси. Он передал также богослужебные тетради, по которым молились еретики, и среди прочих так называемую «Псалтырь жидовствующих». Этот сборник иудейских молитв, с изъятыми пророчествами о Христе, был русским переводом Махазора. (Махазор — годичный цикл молитв, песнопений и правил литургии на основные иудейские праздники: Рош ха-Шана, Иом-Киппур, Песах, Суккот и др. — В.С.)
По доносу Наума еретики глумились над иконами, кололи их на растопку для печей, «спускали на святые образа дурную воду», то есть мочились на них, привязывали кресты на шею воронам и т. д. В своем иконоборческом вандализме еретики вели себя подобно язычникам, которые избивали палками «провинившихся» божков.
Потрясенный архиепископ Геннадий написал о случившемся митрополиту Геронтию и великому князю. Первым отреагировал государь. Он приказал Геннадию «беречься, чтобы то лихо по всей земле не распростерлось», и поручил ему вместе с великокняжеским наместником начать расследование. Были арестованы названные Наумом поп Гридя, его сын Самсон, поп Герасим и дьяк Борисоглебский. После допроса подозреваемых отпустили на поруки до конца розыска. В ту же ночь все четверо бежали в Москву под защиту Алексея и Дениса.
Бывшие новгородские священники к этому времени сделались в Москве важными особами. Оба были вхожи ко двору великого князя и часто общались с ним самим и его ближайшим окружением. Приняв прибежавших из Новгорода сообщников, Алексей и Денис обвинили Геннадия в усердии не по разуму и попытались замять дело о ереси. Митрополит Геронтий, ненавидевший Гонзова, готов был их поддержать.