Однако Геннадий не успокоился. Не получив под держки митрополита, он разослал тревожные Послания другим епископам: сарскому, суздальскому и пермскому. Писал, что «в Новгороде открылись еретики, которые держат ереси маркианскую (отвергающую Троицу), мессалианскую (отвергающую церковную обрядность) и саддукейскую (отвергающую будущую жизнь. — В.С.) и всячески скрываются, называя себя православными христианами». В подробностях описав еретические надругательства над иконами, Геннадий просил епископов ходатайствовать перед государем и митрополитом, чтобы «делу исправление чинити», ибо «та прелесть здесь распростерлась не токмо во граде, но и по селам. А все от попов, которые еретиками становились в попы: да того ради и в попы ставят, чтобы в свою ересь привести».
Именно Геннадий первым определил ересь как «жидовскую». Термин «жидовствующий» был широко распространен в антиеретической византийской литературе. По мнению Иоанна Дамаскина, все ереси, родившиеся после победы христианства, имеют корни в иудаизме, то есть все еретики после третьего века новой эры виноваты в «жидовствовании». При этом «жидовствующий» не всегда значит «верующий в иудаизм», или христианин, обратившийся в иудаизм. Обвинение применялось намного шире. Оно означало ересь вообще, уклонение от истинного христианства.
Послания Геннадия возымели действие. В 1488 году Собор Русской православной церкви рассмотрел дело о беглых новгородских еретиках. Всех названных, кроме Гриди Борисоглебского, на которого не было других улик, кроме показаний Наума, признали виновными в поругании икон. По приказанию великого князя еретиков подвергли градской, то есть светской казни — наказанию кнутом. Как пишет московская летопись: «Тою же весной биша попов ноугородских на торгу кнутом, приела бо их из Новгорода к великому князю владыка Геннадий, что пьяни поругались святым иконам». Как повелось, все имущество еретиков переходило в собственность великого князя.
Казалось бы, архиепископ Геннадий мог торжествовать. Он добился соборного осуждения ереси, его поддержали великий князь и митрополит, ему вернули бежавших в Москву еретиков для продолжения расследования. Однако было нечто, мешавшее Геннадию праздновать победу. Он понял, что в сети попала всего лишь мелкая рыбешка, а весь руководящий центр еретического сообщества находится в столице.
Продолжая допросы еретиков, Геннадий дознался до их высоких покровителей: «Спросили мы Самсонка: ведаешь ли, что говорят на Москве? И Самсонка молвил: ведаю, как не ведать. Ходили все запросто к Федору Курицыну, дьяку великого князя. Ходят к нему Алексей протопоп, да Истома, да Сверчок, да Ивашко Черный, что книги пишет, да поучаются на православных. Да приехал с Федором Курицыным угрянин, Мартыном зовут. Ино Курицын начальник тем злодеям».