Костычев, разумеется, знал, кого он так резко критикует, но, щадя самолюбие автора, он предложил «сжечь, не распечатывая», конверт, в котором указывалось, кому принадлежит неудачная работа. Комиссия согласилась с таким предложением, и конверт сожгли. Слух об этом происшествии разнесся по всему институту, и после него легкомысленные исследователи уже не шли в лабораторию почвоведения.
Костычев и в Лесном институте и в университете, где он также преподавал, после каждой лекции всегда устанавливал так называемый «совещательный час». Вечером ежедневно на- дому у Костычева — он жил в Гусевом переулке, недалеко от Невского и Литейного, — от шести до семи часов проводились также эти «совещательные часы». На них являлось много студентов, нередко они засиживались гораздо дольше положенного часа. Хозяин дома очень дорожил своим временем, но на разговоры с молодежью он его не жалел. Авдотья Николаевна не раз бывала участницей этих бесед, а потом угощала студентов ужином.
К студенческим горестям и бедам супруги Костычевы были очень чутки. Авдотья Николаевна все время хлопотала о подыскании молодым людям уроков и переписки, знакомство со многими писателями и журналистами облегчало ей эту задачу. Когда в Лесном институте организовалось Общество вспомоществования нуждающимся учащимся, Костычев одним из первых вступил в него и внес единовременно 50 рублей. Это составляло его полумесячное жалованье — он получал 1 200 рублей в год. В 1887 году один из студентов — кавказец Атабеков — заболел туберкулезом. Костычевы оказали больному большую помощь, а Павел Андреевич добился также выдачи Атабекову на излечение единовременного пособия в сумме 100 рублей.
Неудивительно, что такого учителя студенты готовы были носить на руках. Они его называли профессором. И действительно, по своим глубочайшим знаниям, редкому лекторскому дару Павел Андреевич был настоящим профессором. Его так постепенно начали называть все: друзья и враги, устно и в печати. Но формально этот замечательный ученый до конца своей жизни так и не стал ни профессором, ни доктором. На него косились за его «низкое происхождение», не забывали где следует его участие в студенческих кружках и дружбу с Энгельгардтом.
Книга Костычева «Почвы черноземной области России» была им представлена как докторская диссертация в Петербургский университет. Здесь долго советовались с попечителем учебного округа, с чиновниками из министерства и в конце концов вернули работу автору. Возмущенный Энгельгардт вмешался в это дело и уже от себя послал книгу своего любимого ученика в Харьковский университет. Здесь вся надежда была на Л. С. Ценковского, но смерть помешала ему поставить этот вопрос в совете, и работу еще раз отклонили.