Конечно, это обижало Костычева, но он продолжал свою разностороннюю деятельность со свойственной ему активностью. Когда в восьмидесятых годах прошлого столетия в Петербурге развернули свою работу Высшие женские курсы, Костычев, в числе наиболее передовых ученых, начал здесь читать постоянный курс «Сельское хозяйство». И на Высших женских курсах, и в Лесном институте, и в университете у Костычева было очень много учеников и учениц — все они с исключительным уважением относились к любимому профессору.
А. Ф. Рудзкий вспоминал, что в характере Костычева была одна черта, «которою он действовал особенно сильно на более обширный круг, — на своих учеников. Я говорю о чрезвычайном трудолюбии, каким он всегда отличался… Павел Андреевич учился в сельскохозяйственном училище, а потому мог быть допущен в Земледельческий институт лишь при условии получить во время студенчества аттестат зрелости. Решение этой задачи потребовало редкой силы воли; в присутствии ее лежит поучительное и для других объяснение, почему Костычеву удалось так много сделать… Он все брал трудом, трудом разумным и неустанным, в котором да найдет он себе последователей, во славу науки и ко благу России!»
***
Костычев придавал большое значение агрономическому образованию. Позднее, когда он стал директором департамента земледелия, именно ему принадлежала идея коренной перестройки русских сельскохозяйственных школ всех ступеней: низших, средних и высших.
Один из прогрессивных деятелей в области русского сельского хозяйства, друг Энгельгардта и редактор популярного агрономического журнала «Хозяин», А. П. Мертваго, писал: «Испытав на себе всю трудность для народа осветить свой ум знанием, П. А. Костычев, по всем вероятиям, потому и интересовался так, будучи директором департамента земледелия, вопросами сельскохозяйственного образования… Он был душой и председателем совещаний» по этому вопросу, созванных в 1894 году по его инициативе.
В высших сферах очень косо смотрели на эту деятельность Костычева. Началось с того, что к участию в совещаниях он привлек самых передовых ученых, оппозиционно настроенных по отношению к правительству: известных плодоводов Н. И. Кичунова (1863–1942) и В. В. Пашкевича (умер в 1939 году), видного овощевода, преподавателя Горы-Горецкого земледельческого училища М. В. Рытова (1846–1920), винодела М. А. Ховренко, профессора А. Ф. Рудзкого, директора Никитского ботанического сада П. Г. Анциферова.
Немалую помощь оказал Костычеву и его старый товарищ по Земледельческой школе и институту Николай Африканович Гудков, который в течение многих лет был управляющим Горецкой опытной фермой и преподавал в здешнем училище сельскохозяйственную технологию и учение о машинах. Он настаивал на более энергичном внедрении машин в земледелие, писал о возможности самой широкой постановки агрономических опытов силами преподавателей и учеников сельскохозяйственных школ.