СНОВА СПОР О КОМАНДОВАНИИ
Поскольку занимаемая войсками Квантунского укрепленного района территория сократилась фактически до размеров крепости Порт-Артур, генерал Смирнов предпринял новую попытку оспорить командование у Стесселя. Основанием для его претензий служило «Положение о крепостях», согласно которому вся власть в осажденной крепости принадлежала коменданту. Однако высшим законом в Российской империи была и оставалась личная воля самодержавного монарха. Приказ о назначении Стесселя командующим войсками Квантунского укрепрайона и подчинение ему генерала Смирнова исходил лично от государя и никак не мог быть оспорен. Поэтому Смирнов предпринимает обходной маневр: в письме командующему войсками на Дальнем Востоке генералу Куропаткину он предлагает последнему отозвать Стесселя ввиду сокращения территории района до территории крепости. К своим действиям против командующего Смирнов привлек исполняющего обязанности командующего порт-артурской эскадрой контр-адмирала Витгефта, который также послал наместнику отрицательный отзыв о Стесселе (а вот Стессель в своих донесениях оценивал Витгефта очень высоко).
Итогом всех этих интриг стал приказ Куропаткина об отзыве командующего войсками укрепрайона в Манчьжурскую армию, который Стессель получил 5 июня.
Этот приказ произвел среди генералов порт-артурского гарнизона эффект разорвавшейся бомбы. При всех недостатках Стесселя как руководителя (а у кого их нет?) никому из них и в голову не пришло подчиниться Смирнову, полководческие таланты которого расценивались весьма невысоко.
Ответом стало письмо, подписанное Стесселем, а также генералами Никитиным, Фоком, Кондратенко и Белым, с просьбой оставить все как есть. После окончания осады этот поступок будет поставлен Анатолию Михайловичу в вину. Дескать, отказался выполнить приказ и предстать перед начальством. В романе «Порт-Артур» отказ командующего покинуть осажденную крепость объясняется трусостью и властолюбивыми амбициями. К сожалению, этой точки зрения придерживаются и некоторые современные исследователи.
Помимо коллективного письма Стессель послал Куропаткину (кстати, своему бывшему однокашнику по Павловскому училищу) предложение отозвать из крепости Смирнова и передать полномочия коменданта Кондратенко, который был буквально создан для этой должности. Это предложение даже недоброжелатели генерала считают рациональным и правильным. Но, по мнению военных бюрократов, должность коменданта должен был занимать генерал-лейтенант, а Роман Исидорович был лишь генерал-майором.