Военный суд, рассмотрев представленные материалы следствия, освободил от ответственности генералов Фока, Рейса и Смирнова, признав их невиновными. При этом освобождение от ответственности Смирнова было обставлено довольно унизительным для него образом — суд счел, что обвиняемый не был информирован о происходящем в крепости, а потому и не мог препятствовать ее сдаче.
Обвинения против Стесселя сводились к трем пунктам:
1. Сдал крепость японским войскам, не употребив всех средств к дальнейшей обороне.
2. Бездействие власти.
3. Маловажное нарушение служебных обязанностей
Под «бездействием власти» суд имел в виду то обстоятельство, что Стессель, зная о сочинении и распространении генералом Фоком критических заметок, в которых подвергались критике не подчиненные Фоку офицеры и генералы (главным образом все тот же Смирнов), не принял мер к пресечению этой деятельности. Суд сам счел это обвинение маловажным, так как прекрасно понимал, что командующему осажденной крепостью было чем занять и без цензурных обязанностей.
Под «маловажным нарушением служебных обязанностей» подразумевались действия генерала, противоречащие строгой букве военных уставов и законов. Стессель часто отдавал распоряжения через голову Смирнова, гражданской администрации Порт-Артура и т. д. Суд сам счел этот пункт обвинения маловажным ввиду невозможности строгого соблюдения всех норм закона в условиях осажденной крепости.
Наиболее серьезным был первый пункт. Выше уже говорилось о том, что с военной точки зрения возможности крепости к обороне были исчерпаны и нанести неприятелю серьезный ущерб она не могла. Но с чисто юридической позиции крепость была сдана преждевременно. А вдруг японцы по каким-то причинам не стали бы ее штурмовать? Тогда оборона могла продлиться еще месяц до исчерпания продовольственных запасов.
Следуя букве закона, суд признал Стесселя виновным в преждевременной сдаче крепости и приговорил его к расстрелу. Но тут же обратился к государю с ходатайством о помиловании приговоренного с мотивировкой:
«Принимая во внимание, что крепость Порт-Артур, осажденная с моря и с суши превосходными силами противника, выдержала под руководством генерал-лейтенанта Стесселя небывалую по упорству в летописях военной истории оборону и удивила весь мир доблестью своих защитников, что несколько штурмов были отбиты с громадными для противника потерями, что в течение всей осады генерал-лейтенант Стессель поддерживал геройский дух защитников крепости, а также его прежнюю боевую службу и участие в трех кампаниях, суд просит помиловать обвиняемого, с заменой смертной казни десятилетним заключением в крепости