Французский генерал Бараге д’Иллье принял капитуляцию и из уважения к мужеству защитников крепости оставил офицерам их шпаги.
Последним центром сопротивления Бомарзунда осталась башня Z. Ее малочисленный гарнизон и не помышлял о сдаче, несмотря на интенсивный обстрел с моря и сосредоточение на острове отряда французской пехоты в 3000 человек. Однако положение маленького укрепления было безнадежным, и генерал Бодиско отправил его командиру приказ о сдаче. Получив оный, поручик Шателен вступил в переговоры с неприятелем и сдался, оговорив ряд условий, которые были приняты союзниками, — офицерам башни было сохранено личное оружие, и сам гарнизон должен был находиться в плену вместе.
В ночь после сдачи крепости около сотни русских солдат и финских стрелков, проложив себе путь оружием, достигли берега, где захватили несколько лодок. Часть из них направилась в сторону нейтральной Швеции, часть, обойдя британскую эскадру, сумели добраться до Або. Именно от них русский командующий в Финляндии узнал о падении крепости.
Остальные солдаты и офицеры гарнизона были вывезены в Англию, где некоторые из них пали жертвой эпидемии холеры. В 1860-х годах на средства государя императора Александра II в городке Луис (графство Суссекс) был поставлен небольшой памятник, который сохранился до нашего времени.
Потери русских войск при обороне крепости составили 56 убитыми и 36 ранеными (некоторые авторы приводят общую цифру потерь в 150 человек), потери интервентов оказались значительно больше. Англичане потеряли около 15 человек убитыми (главным образом на кораблях) и вдвое больше ранеными. Потери французов составили, по разным оценкам, от 200 до 600 человек. Если вспомнить, что взятие крепости нужно было в первую очередь англичанам, и посмотреть на потери, то сразу становится понятно, кто для кого таскал каштаны из огня в этой войне.
Союзная пресса подавала взятие Бомарзунда как грандиозную победу, хотя английское общественное мнение было разочаровано столь малым результатом деятельности эскадры Непира. Одна из британских газет посвятила адмиралу критическую статью под заголовком «Пришел, увидел и не победил». Французы, впрочем, не испытывали подобных сомнений. Император Наполеон III за взятие недостроенной крепости произвел генерала Бараге д’Иллье в маршалы Франции.
Государь император Николай I, узнав о падении Бомарзунда, писал князю Меншикову: «Аланд пал с честью после упорной обороны; подробности доходят к нам только от неприятелей и сколько из описаний их заключить можно, то долг исполнен по возможности