Но юридические и дипломатические реверансы не могли скрыть очевидного, — Российская империя проиграла военное единоборство куда более скромной по размерам и возможностям державе.
Вопрос о причинах поражения России в Русско-японской войне остается для многих любителей истории не до конца проясненным. Безусловно, в этом вина нашей историографии, которая за сто лет, прошедших с тех пор, как отгремели бои на сопках Маньчжурии, так и не смогла выпустить капитальный, всеобъемлющий труд под названием «История Русско-японской войны 1904—1905 гг.». XX век оказался настолько заполнен историческими событиями и процессами, что до первой крупной войны столетия, что называется, руки не дошли. К тому же в советское время и не особенно стремились дойти. Ведь причину поражения объяснил сам «вождь мирового пролетариата» — отсталое, реакционное самодержавие не устояло перед натиском молодого, прогрессивного азиатского государства. К этому объяснению очень быстро присоединили логическое продолжение — после революции 1917 года, когда социально-политический строй в России сменился на самый прогрессивный, уже Япония стала отсталой страной, а потому трижды терпела поражение в военных столкновениях с СССР.
Однако когда «самый прогрессивный общественный строй» приказал долго жить и исследования событий начала XX века освободились от идеологического диктата, то перед историками неизбежно встал вопрос — а в чем же заключалась пресловутая отсталость? Большой интерес к Русско-японской войне способствовал появлению множества небольших исследований, статей, брошюр, посвященных частным аспектам — организации войск, действиям отдельных кораблей и частей, отдельным сражениям и боям. И постепенно из этого огромного массива работ начала вырисовываться следующая картина: исследователи обозначили множество недостатков российской военной машины, но все они не носили рокового характера. Эпизоды сражений и боев не выявляли качественного превосходства армии Микадо как в организации, так и в технике. Мы не видим ничего похожего на доминирование парового флота союзников над русским парусным флотом, как это было в Крымскую войну, не видим превосходства в сфере военного образования и боевой подготовки, как в начальный период Великой Отечественной войны. Более того, в отдельных сферах военной организации Россия заметно превосходила Японию. Например, в организации военной медицины, поэтому относительные потери русской армии умершими от ран и заболеваний в госпиталях были примерно в два раза ниже, чем у противника. Строго говоря, и общие потери России в войне были почти в два раза меньше японских — 44 441 убитыми, ранеными и умершими от ран против 86 004 человек.