Форменный «блицкриг», закончившийся полным поражением Эквадора, стоил Перу всего 107 человек убитыми. Потери эквадорцев точно неизвестны, но обычно фигурирует оценка в 400-500 человек погибших[35].
29 января 1942 г. в Рио-де-Жанейро при коспонсорстве США, Аргентины, Бразилии и Чили был подписан так называемый «Протокол Рио», призванный окончательно урегулировать конфликт. Вследствие очевидной победы Перу последствия для Эквадора оказались тяжелыми — по «Протоколу» он был вынужден в обмен на вывод перуанских войск с юга страны отказаться от 205 тыс. кв. км спорной территории в Амазонии, потеряв таким образом 40 % национальной территории и полностью лишившись доступа к амазонскому бассейну. Четыре вышеупомянутых государства выступили гарантами данного соглашения[36].
В 1942-1946 гг. американцы провели обширную программу аэрофотосъемки района перуанско-эквадорской границы, что позволило произвести ее точную демаркацию на протяжении 1663 км, или 95 % протяженности. Однако война 1941 г. на долгие годы отравила межгосударственные отношения между Перу и Эквадором — в Эквадоре считали себя жертвами агрессии, а «Протокол Рио» — навязанным силой. Поэтому уже в 1950 г. Эквадор в одностороннем порядке отменил совместную демаркацию оставшихся 78 км границы, находящихся в районе горного хребта Кондор в долине верхнего течения реки Сенепа в джунглях амазонского бассейна. Формальным поводом стали разногласия по поводу определения линии водораздела, по которой должна была проходить граница, а подоплекой — нежелание Эквадора смириться с потерей территории 1941 г. и желание хотя бы на данном участке сохранить доступ по рекам к амазонскому бассейну[37].
Именно данный спорный участок границы и стал главным яблоком раздора между двумя странами в послевоенные годы и непосредственной причиной вооруженного конфликта 1995 г.
В 1960 г. тогдашний президент Эквадора Хосе Мария Веласко Ибарра официально объявил об односторонней денонсации «Протокола Рио», что вызвало осуждение со стороны ОАГ и стран-гарантов «Протокола». Впрочем, никаких практических действий со стороны Эквадора за этим жестом не последовало. Тем не менее практически ежегодно в январе — к очередной годовщине подписания «Протокола Рио» — обстановка между странами накалялась, стороны обменивались недружественными заявлениями, разворачивалась пропагандистская кампания в средствах массовой информации, а на границе в спорной зоне происходили вооруженные инциденты.
Характерной особенностью этой кампании стала своеобразная «топонимическая война». Основываясь на сходстве ряда топонимов на перуанской и эквадорской сторонах границы, эквадорская сторона утверждала, что это не она посягает на спорную территорию, а, наоборот, это перуанцы якобы незаконно удерживают ряд пунктов на территории Эквадора. Именно этот тезис стал основным доводом со стороны Эквадора в событиях 1981 и 1995 гг.