Немногочисленные вылеты югославских истребителей МиГ-29 на перехват также заканчивались чаще всего уничтожением самих перехватчиков.
Нейтрализация системы ПВО Югославии дала возможность авиации НАТО осуществлять планомерные удары по всей территории СРЮ. Удары наносились преимущественно высокоточным оружием с высот от 15 до 30 тыс. футов (4,5—10 тыс. метров), что полностью выводило самолеты из-под угрозы малокалиберной зенитной артиллерии, переносных ЗРК и ЗРК малой дальности и ближнего действия. На таких высотах самолеты НАТО могли быть досягаемы только для устаревших бывших советских ЗРК средней дальности, которые эффективно подавлялись. Такой шаблон «средневысотных» действий стал типовым для всех последующих воздушных кампаний Запада вплоть до настоящего времени.
Ударные действия авиации НАТО осуществлялись над территорией собственно Сербии почти исключительно по ночам. Значительным ограничителем воздушной кампании вплоть до середины мая выступали плохие погодные условия.
Удары осуществлялись главным образом по предварительно разведанным целям, в соответствии с заранее выработанными полетными планами. Это придавало исключительное значение действиям разведки, осуществляемой главным образом космическими и авиационными средствами (в том числе авиационной радиотехнической и радиолокационной разведки). Впервые широко задействовались для разведки БЛА, включая новейшие американские Predator (последних суммарно использовано восемь аппаратов). Кампания 1999 г. стала боевым дебютом управляемых бомб (УАБ) со спутниковой коррекцией JDAM, что стало очередным шагом к формированию современного облика «средневысотной заранее программируемой воздушной войны». Реально в кампании 1999 г. США располагали лишь 2000-фунтовыми УАБ GBU-31 JDAM, которые тогда могли применять только стратегические бомбардировщики В-2А Block 30, что и предопределило важность данных самолетов в операции. Всего шесть самолетов В-2А Block 30 совершили 49 боевых вылетов с территории США продолжительностью от 28 до 32 часов, осуществив бомбометание в 45 вылетах и сбросив 652 бомбы GBU-31 и четыре 4700-фунтовые опытные GBU-37 (самолет нес до 16 УАБ GBU-31)[233].
В первый месяц операции самолеты тактической авиации НАТО действовали в составе ударных групп по 8—10 единиц. Затем ударная мощь групп начала увеличиваться и к окончанию боевых действий достигла 30—40 машин. Ежесуточно наносилось от 12 до 20 (до 40 в конце операции) групповых и одиночных ударов по объектам Югославии.
Широко применялась дозаправка в воздухе, осуществляемая после взлета. Каждой ударной группе назначалось от трех до шести целей. Выходы на цель самолеты ударных групп совершали парами или в составе звеньев по три-четыре машины, время нахождения в районе цели составляло 20-30 минут, высота применения оружия 4500-6500 метров