Однако, как и некоторым другим гидросамолетам, Do-26 не суждено было долго служить мирным целям.
После начала войны четыре следующие лодки – V3 (прототип модификации В), V4, V5 и V6 (прототипы модификации D) – были переданы морской авиации для транспортных и разведывательных операций.
Все они были оснащены четырьмя шестицилиндровыми дизелями Jumo 205D мощностью по 600 лошадиных сил, установленными тандемом, что было классической схемой для фирмы «Дорнье». Интересной отличительной чертой Do-26 было то, что оси винтов обоих задних двигателей могли отклоняться вверх на 10 градусов. Это защищало лопасти винтов от повреждений водными брызгами во время взлета и посадки. Позднее летающие лодки получили более мощные моторы, сначала в 700 лошадиных сил, а потом и в 880 лошадиных сил. Начиная с прототипа V3 все Do-26 имели оборонительное вооружение. Оно состояло из 20-мм пушки MG151 в носовой башне с электроприводом, двух 7,92-мм пулеметов MG15, установленных по бортам лодки, и еще одного такого же пулемета в водонепроницаемой установке в нижней части корпуса.
Весной 1940 года все шесть летающих лодок приняли участие в Норвежской кампании. В составе KGrzbV108 они использовались для переброски живой силы и техники, а также для снабжения немецких войск в районе Нарвика. Где и понесли первые потери. В 16.15 8 мая в этом районе Do-26V2 «Р5+ВН» обер-лейтенанта Шака был перехвачен звеном британских самолетов. Это были три палубных самолета «Скуа» Mk.II из 803 Sqdn. FAA, принадлежавшие лейтенанту Харрису, сублейтенанту Чальтону и чиф-петти-офицеру Джонсону. В ходе атаки на «Дорнье» вышли из строя три из четырех двигателей, и он совершил вынужденную посадку в горловине Уфут-фьорда, приблизительно в 50 километрах юго-восточнее Нарвика. Экипаж успел поджечь летающую лодку, прежде чем норвежцы взяли в плен всех 22 человек, которые были на ее борту.
28 мая Do-26Vl «Р5+АН» и Do-26V3 «Р5+СН» доставили в Ромбакен-фьорд, недалеко от Нарвика, артиллерийские подразделения альпийских стрелков. Во время выгрузки их внезапно атаковали три «Харрикейна» Mk.I из 46 Sqdn. RAF, принадлежавшие флайт-лейтенанту Патрику Джеймсону и пайлэт-офицерам Аллану Джонсону и Герберту Кнайту. В ходе штурмовки обе лодки получили множество попаданий и полностью сгорели [11] .
Пилотом первого «Дорнье» был 28-летний фельдфебель Эрнст Вильгельм Модров. Как и многие другие летчики морской и разведывательной авиации, он до войны летал на гражданских самолетах. Получив в 1929 году лицензию пилота, Модров затем с 1933 года работал в Южной Америке, в колумбийской авиакомпании SCADTA. В мае 1937 года он перешел в «Люфтганзу» и выполнял почтовые рейсы через Атлантику в Южную Америку и обратно, в том числе на Do-26. С началом войны Модрова зачислили в люфтваффе в звании фельдфебеля, и теперь он на том же самом «Дорнье» летал в составе KGrzbV108. Во время этой атаки «Харрикейнов» он получил тяжелое ранение и был отправлен в госпиталь [12] .