14 декабря 1806 года Барклай-де-Толли блеснул талантом умелого военачальника. В сражении с французами под городом Пултуском (Польша) он командовал передовым отрядом корпуса Л.Л. Беннигсена. И не только выдержал яростную атаку корпуса прославленного наполеоновского маршала Жана Ланна, но и вместе с подоспевшими войсками генерала Сакена перешел в контрнаступление и опрокинул дивизию генерала Гюдена.
В Пултусском сражении французам так и не удалось выйти в тыл армии противника и отрезать ее от переправ через реку Нарев. За успешное проведение этой операции, смелые и решительные действия 45-летний генерал получил своего второго Святого Георгия и репутацию умелого полководца.
Затем последовало сражение в Восточной Пруссии у города Прейсиш-Эйлау (ныне город Багратионовск Калининградской области) 26–27 января 1807 года. Благодаря искусным действиям Барклая-де-Толли русскому арьергарду удалось сдержать главные силы неприятеля во главе с самим императором французов. Тогда Михаил Богданович на поле битвы познакомился с военным искусством знаменитых Наполеоновских полководцев – маршалов Франции Мюрата, Даву, Нея и Сульта. Знакомство это затем продолжится в Отечественной войне 1812 года и последующих заграничных походах русской армии.
В сражении при Прейсиш-Эйлау Барклай-де-Толли получил тяжелое ранение в правую руку. В бессознательном состоянии он был вывезен с поля боя бесстрашным унтер-офицером Изюмского гусарского полка Сергеем Дудниковым. Излечение шло пятнадцать долгих месяцев. Врачам-хирургам пришлось извлечь из раны свыше сорока обломков костей.
Оправившись от тяжелого ранения, Михаил Богданович возвращается в армейские ряды. Уже в чине генерал-лейтенанта и в должности начальника 6-й пехотной дивизии принимает деятельное участие в Русско-шведской войне 1808–1809 годов, не раз «примерно» отличаясь в ней.
Заключительный этап войны был отмечен героическим переходом русских войск через Ботнический залив по льду в самую морозную погоду: корпуса генерала П.И. Багратиона на Аландские острова и корпуса М.Б. Барклая-де-Толли через пролив Кваркен шириной в 100 километров на шведский берег. Тяжелый и опасный ледовый переход привел к блестящему результату.
Герой войны со Швецией получает чин полного генерала от инфантерии и назначается генерал-губернатором Финляндии, присоединенной к Российской империи.
В это время над Россией начали сгущаться военные тучи – предстояла схватка с могущественным противником в лице наполеоновской Франции и подвластных ей европейских государств. Император Александр I смещает с поста военного министра генерала от артиллерии А.А. Аракчеева (показавшего себя на этом государственном посту не так уж плохо) и назначает главой военного ведомства генерала от инфантерии М.Б. Барклая-де-Толли. У того для такой должности имелся и широкий кругозор, и стратегическое мышление, и знание вероятного противника.