Но прежде чем Гиммлер смог насладиться своим политическим успехом, ему и его СС пришлось пройти проверку на прочность. Это было связано с тем, что незадолго до выборов в рейхстаг НСДАП потряс один из тяжелейших кризисов, отголоски которого можно было наблюдать еще несколько лет. Дело в том, что наружу вырвался давно зревший конфликт между СА и политической организацией НСДАП. Именно накануне выборов командующий СА на Востоке Германии Вальтер Штеннес в ультимативной форме потребовал включить в партийные списки представителей штурмовых отрядов. Когда это требование не было удовлетворено, Франц фон Пфеффер решил покинуть пост командующего С А. Произошло это 12 августа 1930 года. Штурмовые отряды остались фактически бесконтрольными. В этих условиях Штеннес заявил, что прекращает охрану всех партийных мероприятий. 30 августа штурмовики захватили берлинскую канцелярию НСДАП. Завязалась драка с охранявшими ее эсэсовцами. Нападение удалось отбить только при помощи прибывших нарядов полиции. Гитлер понял, что надо было хотя бы формально пойти на компромисс. Он прибывает в Берлин и произносит перед штурмовиками речь, в которой обещает, что лично возглавит и СА, и СС. Однако конфликт начал быстро распространяться по стране. Мятеж штурмовиков вспыхнул в Аугсбурге. Туда в срочном порядке прибыли Гиммлер и Зепп Дитрих, которым удалось отстоять местный партийный офис. В течение последующих месяцев аналогичные события произошли в Ханау и в Дахау. И опять партийное руководство от штурмовиков приходилось защищать эсэсовцам. Среди эсэсовцев и рядовых членов партии стали распространяться слухи о том, что «верных и честных штурмовиков» к неповиновению подстрекало «продажное и одержимое жаждой власти руководство штурмовых отрядов». Даже в 1943 году Гитлер продолжал внушать своему окружению, что штурмовики не были чем-то разочарованы, «разочарованными были герр Пфеффер и его камарилья». Первый путч Вальтера Штеннеса примечателен хотя бы тем, что именно после него у СС появился лозунг «Моя честь — моя верность».
В конце 1930 года, когда, казалось бы, кризис миновал, Гиммлер предпринял максимум усилий, чтобы разделить между собой СС и СА. Он даже полагал, что ему это удалось. По крайней мере Гиммлер записал в дневнике: «Окончательное разделение организационных структур и сферы деятельности СС и СА произошло». Но это было самовнушение. Окончательное разделение произошло только лишь после событий 30 июня 1934 года, которые более известны как «ночь длинных ножей». До этого момента Гиммлер формально продолжал подчиняться руководству СА. О разделении не могло быть и речи, так как в сентябре 1930 года Гитлер, как и обещал, лично возглавил и СА, и СС. Однако заниматься делами штурмовиков было сложно и не очень приятно, а потому 30 ноября 1930 года фюрер передал командование СА своему старому знакомому Эрнсту Рёму, который только что вернулся из Боливии. Подобное развитие событий стало сюрпризом для многих. Эрнст Рём считался «крестным отцом» штурмовых отрядов. Именно Рём в начале 20-х годов был посредником между штурмовиками и рейхсвером, именно он снабжал только что появившиеся на свет СА оружием с армейских складов.