Однако разделить функции СА и СС хотел не только Генрих Гиммлер. Эрнст Рём в своем первом после назначения приказе говорил о том, что между штурмовиками и эсэсовцами должны быть устранены все трения и недоразумения. Он предполагал, что численность СС не должна была превышать 10 % от общего числа штурмовиков. При этом СА не могли вести агитацию в эсэсовских формированиях, и наоборот. Произошло и разделение функциональных обязанностей. Подразделения СА должны были охранять мероприятия, организованные НСДАП, а структуры СС должны были заниматься исключительно охраной ораторов, политического руководства и видных национал-социалистов, которые в качестве гостей присутствовали на данных мероприятиях. Во время уличных акций С А должны были быть основой для пропагандистских маршей, а СС должны были обеспечивать оцепление, после чего должны были маршировать в конце колонны.
Быстрое увеличение численности СС вынуждало Гиммлера провести некоторые организационные преобразования. Уже в 1930 году были созданы три области оберфюреров СС. В 1931 году были введены новые наименования подразделений СС. С этого дня «охранные отряды» делились на бригады, те на штандарты, а те в свою очередь на штурмбанны. Чтобы увеличить оперативность действий СС, в их составе было создано несколько моторизированных штурмов. Кроме этого Гиммлер в качестве рейхсфюрера СС разделил свой штаб на пять отделов, каждый из которых занимался своей собственной сферой деятельности. Однако противоречия между СА и СС оказалось устранить не так-то просто. Если в штурмовики шли выходцы из низших и средних сословий, то в СС пытались набирать «лучших людей». Кроме этого эсэсовцы никогда не соблюдали мораторий на ведение агитации в среде штурмовиков. Рёму приходили многочисленные жалобы на то, что представители СС переманивали к себе многих членов СА. Соперничество между двумя военизированными организациями подстегивалось тем, что СС, как более дисциплинированная структура, пользовались фактически безграничным доверием со стороны политического руководства НСДАП.
В июне 1931 года Генрих Гиммлер провел в Мюнхене совещание с командирами подразделений СС, на котором прочитал доклад «О целях и задачах СС, об отношении СС к СА и политическим структурам». По сути, это единственный дошедший до нашего времени документ «эпохи борьбы», в котором предельно ясно и четко говорилось о будущих целях и задачах «охранных отрядов». Гиммлер полагал, что СС являлись «гвардией», которой было суждено стать «последним резервом фюрера». «СС должны быть формированиями, которые включают в себя лучший человеческий материал, имеющийся в Германии. СС должно сплачивать кровное единство, а потому их распад невозможен». И далее: «Мы идем по пути, позволяющем нам стать чем-то большим, чем группа активистов, более дисциплинированными, чем они. Только тогда можно утверждать, что мы можем конкурировать с лучшими людьми партии, что мы по праву носим “мертвую голову”, что только мы можем претендовать на звание гвардии». Разворачивая свою мысль, Гиммлер предполагал, что в данном случае СС смогут вытеснить с политической сцены союз фронтовиков «Стальной шлем», так как только СС будет являться единственной организацией лучших ветеранов войны.