Контрразведкой в Вооруженных Силах занимался Третий главк, представители которого работали в так называемых «особых отделах».
Вопросами безопасности и контрразведывательного обеспечения транспорта занималось 4-е Управление, которым заведовал Юрий Сторожев, один из опытнейших и старейших работников КГБ. Проблемы экономической безопасности входили в компетенцию 6-го Управления КГБ. Главный недостаток работы этого управления, на мой взгляд, заключался в том, что оно не могло выработать концепцию работы в условиях перехода страны к рыночным отношениям. Чуть ли не главная угроза виделась КГБ в нарождающихся структурах свободного предпринимательства. Конечно, слов нет, они уродливы. Но именно потому, что их нормальному появлению на свет мешали и продолжают мешать. В том числе и КГБ, который твердо стоял на страже интересов исключительно социалистического государственного сектора, сдерживал развитие рыночных реформ.
При Крючкове КГБ активно занялся борьбой с так называемым «экономическим саботажем», который толковался достаточно произвольно. В конце концов дело свелось к отслеживанию деятельности кооператоров и поиску консервных банок, припрятанных в подсобках магазинов. Тысячи сотрудников были брошены на изучение содержимого складских помещений. Эти «операции» проводились с большой помпой и широкой прессой. Предполагалось, что вид мяса и консервных банок, извлеченных из-под прилавка и продемонстрированных с телеэкрана, вызовет у потребителей, привыкших к пустым полкам магазинов, большую признательность КГБ. При этом не принимали во внимание, что хождение по магазинам — функция вовсе не спецслужб, а милиции, которая проводила те же мероприятия с несравнимо большим размахом, но не считала нужным столь бурно рекламировать свою рутинную работу. Кстати, сами сотрудники Комитета были вовсе не в восторге от того, что многим пришлось переквалифицироваться в своего рода торговых контролеров.
Не учитывало руководство КГБ и то, что на эту несвойственную спецслужбам работу отвлекались и без того незначительные силы Управления по борьбе с организованной преступностью (ОП), что наносило ущерб основной деятельности управления, которое должно было заниматься разработкой мафиозных и террористических групп, пресекать коррупцию, процветавшую в коридорах государственной власти всех уровней.
В чем КГБ неизменно имел успех, так это в борьбе с инакомыслием. Занималось этим грязным делом пресловутое 5-е Управление, в конце 80-х годов переименованное в Управление «3» — по защите конституционного строя. Сотрудники этого управления работали во всех мыслимых учреждениях, организациях и движениях — молодежных, религиозных, национальных, общественно-политических. В период перестройки особого внимания были удостоены представители демократических сил, которые выдавались за главную угрозу конституционному строю, конечно, в узком понимании лидеров КПСС и самого КГБ. В нарушение не только действующего законодательства, но и собственных инструкций КГБ проводил оперативно-технические мероприятия в отношении целого ряда государственных и общественных деятелей. Так велось наружное наблюдение за народными депутатами СССР Борисом Ельциным, Тельманом Гдляном, практически за всеми лидерами Межрегиональной депутатской группы. Их телефоны, а также телефоны их близких и знакомых прослушивались. После выборов в российский парламент на прослушивание были поставлены телефоны некоторых народных депутатов РСФСР — в квартирах, на дачах, в местах отдыха. Слушали даже таких лиц, как парикмахершу Раисы Горбачевой или тренера Ельцина по теннису.