Комиссия Степашина справедливо обратила внимание и на то обстоятельство, что даже после отмены 6-й статьи Конституции СССР сохранялся контроль и даже прямое руководство КГБ со стороны Центрального Комитета КПСС. Этот контроль был возможен благодаря тому, что на ключевые должности в КГБ многие годы назначались бывшие ответственные партийные работники, а во всех органах КГБ существовали парткомы, игравшие там далеко не декоративную роль. Комитет госбезопасности вплоть до августа 1991 года направлял в адрес ЦК КПСС материалы секретного и особо секретного содержания. В архивах секретарей ЦК эти документы накапливались в специальных фондах под названием «Документы КГБ СССР». КГБ по поручению Секретариата ЦК готовил справки, ответы на запросы, в том числе и в отношении различных политических деятелей. Все это никак не соответствовало Закону об общественных организациях в СССР, согласно которому все политические партии имели равный статус, а их комитеты не имели права на непосредственное государственное управление.
Нет ничего удивительного в том, что по мере развития процессов демократизации КГБ становился все более непримиримым к политике перемен, выступал в качестве одной из главных сил, стремившихся законсервировать устои старого, отжившего свой срок общественного строя.
Сейчас уже очевидно, что КГБ для достижения своих целей не останавливался перед проведением мероприятий даже явно провокационного характера. Комитет был прямо причастен к нашумевшему «делу АНТа» — суперкооператива, созданного правительством и им же разваленного. Судя по всему, это «дело» было нужно ортодоксам как предлог, чтобы «прихлопнуть» саму идею кооперации и предпринимательства. Или взять не менее шумное «дело о 140 миллиардах», инспирированое КГБ для дискредитации российского правительства.
Комитет госбезопасности стоял у истоков создания «интернациональных фронтов» в союзных республиках, проявлявших строптивость в отношениях с центром. Порочная логика «разделяй и властвуй» стимулировала раскол общества в этих республиках на два непримиримых лагеря, приводила к обострению социальной напряженности. Вместо терпеливого диалога и спокойного, взвешенного подхода к разрешению возникавших между республиками и центром противоречий действовала схема: «не хотите подчиниться — получите интерфронт, который призовет к забастовкам, поставит вопрос о границах республики и о законности избранных там органов власти». А затем деятельность этих интерфронтов преподносилась Комитетом госбезопасности как проявление «воли всего народа».