Сближение Советского Союза с Германией, оказание помощи нефтепродуктами, имевшими стратегически важное значение для ведения Германией войны, вызвали негативную реакцию Англии и Франции. Военно-политическое руководство этих стран не исключало боевых действий против СССР, в первую очередь в целях противодействия поставкам советской нефти в Германию. Планировалось нанести воздушные удары по коммуникациям и непосредственно по объектам нефтедобывающей и нефтеперерабатывающей промышленности на территории СССР.
В конце 1939-го – начале 1940 гг. произошли изменения функций целого ряда подразделений и некоторые структурные изменения в Наркомате внутренних дел [150] . Структура ведомства выглядела следующим образом:
Главное управление государственной безопасности НКВД: 1-й отдел (охрана руководителей партии и правительства), 2-й отдел (секретно-политический отдел), 3-й отдел (контрразведывательный отдел), 4-й отдел (особый отдел), 5-й отдел (иностранный отдел), 6-й отдел (шифровальная работа), Следственная часть.
Главное экономическое управление НКВД. 1-й отдел (агентурно-оперативное обслуживание спецлагерей НКВД), 2-й отдел (контрразведывательная работа на объектах оборонной промышленности), 3-й отдел (контрразведывательная работа на объектах сельского хозяйства, финансов и торговли), 4-й отдел (предприятия Госзнака и аффинажные заводы), 5-й отдел (контрразведывательная работа на объектах авиационной промышленности), 6-й отдел (контрразведывательная работа на объектах Наркомата топливной промышленности).
Главное транспортное управление НКВД: 1-й отдел (контрразведывательное обеспечение объектов железнодорожного транспорта и Московского метрополитена), 2-й отдел (водного транспорта), 3-й отдел (объектов Наркомата связи, ГВФ, Главного дорожного управления и Наркомата автомобильного транспорта);
Главное управление рабоче-крестьянской милиции включало в себя: отдел уголовного розыска, отдел борьбы с хищениями социалистической собственности (ОБХСС), отдел наружной службы, политический отдел, отдел ГАИ, отдел железнодорожной милиции, паспортный стол, отдел местной противовоздушной обороны, научно-технический отдел, отдел по борьбе с бандитизмом (создан в сентябре 1941 г.).
В сентябре 1939 года было образовано Управление по делам военнопленных (УПВ) при НКВД СССР. [151]
Значительные структурные изменения произошли в 1940 году: 4 января создается Главное управление войск железнодорожного строительства (ГУВЖДС), 28 августа – Особстрой по строительству Куйбышевских заводов, 13 сентября – Главгидрострой НКВД.