Цезарь пробыл в Египте в общей сложности девять месяцев. Еще в древности эта египетская экспедиция, а точнее говоря египетская авантюра, вызывала весьма разноречивые оценки и высказывания. Плутарх, который, видимо, в свое время уже мог подвести некий итог всем разногласиям, писал: «Одни писатели не считали войну необходимой и говорили, что единственной причиной этого опасного и бесславного для Цезаря похода была его страсть к Клеопатре, другие выставляли виновниками войны царских придворных, в особенности могущественного евнуха Потина, который незадолго до этого убил Помпея, изгнал Клеопатру и теперь злоумышлял против Цезаря».
Сам Цезарь в конце своих «Записок», посвященных гражданской войне, объясняет свое появление в Египте тем, что он отправился туда вслед за Помпеем и сразу же столкнулся с крайне недружелюбным отношением населения Александрии, а затем с открыто враждебными действиями Потина. Он же сам выступал якобы в качестве искреннего друга и посредника, желая лишь уладить распри между наследниками Птолемея и тем самым обеспечить реализацию его завещания.
Тревожные известия начали поступать к Цезарю из самого Рима. Когда он в Египте узнал о своем вторичном провозглашении диктатором, то назначил начальником конницы (т. е. своим заместителем) Марка Антония, который после Фарсала был им отправлен с частью войск в Италию. Кроме того, Цезарь, используя права диктатора, отложил выборы магистратов в Риме (на предстоящий 47 г.) вплоть до своего возвращения. В силу этого Марк Антоний оказался на положении как бы единодержавного правителя Рима: с начала 47 г. рядом с ним не было ни одного высшего магистрата (за исключением народных трибунов).
Однако если за последние годы он проявил себя как деятельный, опытный и популярный среди солдат военачальник, то как политический руководитель он не смог удержаться на должной высоте. Благодаря кутежам, пьянству, скандальным похождениям с женщинами легкого поведения он не пользовался должным авторитетом.
Цезарь направился в Рим через Афины и даже посетил развалины Коринфа. 26 сентября он высадился в Таренте. Среди видных помпеянцев, обратившихся к нему, он особенно рад был не только помиловать, но и принять в круг своих приближенных Гая Кассия. Этому содействовал другой помпеянец, перешедший на сторону Цезаря сразу же после Фарсала, сын его старой возлюбленной Сервилии, а по некоторым, впрочем малодостоверным, слухам даже его незаконнорожденный сын Марк Юний Брут. Они оба, Брут и Кассий, — будущие убийцы Цезаря.
По дороге из Тарента в Брундизий его встретил Цицерон, который хоть и вернулся от Помпея в Италию после фарсальской катастрофы, но не осмеливался появиться в Риме до возвращения Цезаря. Цицерон и страстно желал, и боялся этой встречи, но Цезарь был так любезен, оказал ему такие знаки внимания, что после свидания с ним Цицерон уже совершенно безбоязненно направился в Рим.