Пользуясь бездействием американских властей, Саррет уехал в Рим; там он под именем Джока Уотсона вступил в один из наемных полков армии папы. В Риме беглец встретился со своим школьным товарищем Сент-Мэри, который, по-видимому, еще не зная об отмене награды, поспешил известить американского посла о нахождении Саррета в Риме. 23 апреля 1866 г. посол направил сообщение обо всем этом в Вашингтон. Почти через месяц, 17 мая, Стентон, мнение которого было запрошено государственным департаментом, переадресовал запрос своему другу, генеральному прокурору, а тот, в свою очередь, потребовал от Сент-Мэри сообщить сведения о себе и переслать сделанное им под присягой заявление о Саррете. 28 мая Сьюард предложил Стентону послать специального агента в Рим, чтобы потребовать выдачи Саррета. Ответа со стороны военного министра не последовало. 20 июля прибыли затребованные из Рима бумаги. Кроме того, американский посол уведомил, что при получении соответствующей просьбы из Вашингтона папские власти с готовностью выдадут преступника. 28 августа государственный департамент снова запросил военное министерство о его мнении по этому вопросу — и снова не получил ответа. В октябре Сьюард предложил удостовериться, действительно ли Саррет в Риме, и для этого переслать фотографию разыскиваемого шпиона в американское посольство в Риме.
Тем временем в ноябре 1866 г. канцлер римского папы кардинал Антонелли, не дождавшись просьбы из Вашингтона, сам отдал распоряжение об аресте Саррета. Тот был арестован, но сумел бежать сначала в Неаполь, а оттуда пароходом в Египет. Только после его бегства в Рим пришла наконец фотография Саррета. Но на ней разведчик был так мало похож на себя, что она могла лишь повредить поискам, направляя полицию на ложный след. В Египте генеральный консул США сумел добиться ареста Саррета; в начале января 1867 г. американский военный корабль доставил преступника в США. Власти приняли специальные меры, чтобы воспрепятствовать встречам заговорщика с «посторонними лицами». Однако незадолго до суда Саррета посетил конгрессмен из Огайо Эшли, близкий друг Стентона. Вероятно, этот визит был связан с попытками получить от заключенного какой-либо компрометирующий материал против президента Джонсона, которого радикальные республиканцы решили предать суду сената.
Американские политики не привыкли брезговать никакими средствами. Атакуя «слеза» Джонсона за его потворство южным плантаторам, некоторые из конгрессменов с готовностью подхватили обвинение южан, что Джонсон отказался помиловать миссис Саррет, несмотря на просьбы самих военных судей. Джонсон стал оправдываться. В такой обстановке процесс над Сарретом мог оказаться очень досадным делом для многих вашингтонских политиков — и врагов, и друзей Джонсона.