С сентября 1941 года за график уничтожения полностью отвечал Эйхман, который составлял планы для Гейдриха, контролировал перевозку евреев и организовывал конференции, на которых подробно определялось управление смертью. Но 27 сентября Гейдриха повысили по службе. Он был назначен действующим протектором рейха в Чехословакии вместо слабого и болезненного фон Нойрата. Гейдрих стал генералом СС, по положению и привилегиям приравненным к министру. После относительной бедности на своем посту в Германии под командованием Гиммлера теперь он мог жить в роскоши в Праге.
Очевидно, Борман — главный союзник Гейдриха среди близких советников Гитлера, больше способствовал этому назначению, чем Гиммлер, который, по свидетельству Шелленберга, «был не в восторге от этого», но решил не препятствовать, поскольку не хотел обижать Бормана. Нет более явного доказательства влияния Бормана на окружение Гитлера со времени внезапного полета Гесса в Шотландию в мае предыдущего года. Сам Гиммлер пользовался расположением фюрера, в то время как Геринг (из-за потворства собственным слабостям и неспособности Люфтваффе поддерживать свою боевую репутацию) терял свое былое влияние. Во многих областях Гиммлер становился самым могущественным человеком в гитлеровской Германии, хотя никогда не демонстрировал своего положения на публике. Власть всегда была для него тайной силой.
Отношение Гиммлера к новому назначению Гейдриха было смешанным. Он несомненно был доволен, что обеспечил фюрера выдающимся служащим, и нежные чувства, которые он всегда испытывал к своему образчику нордического мужчины, были удовлетворены его успехом. В то же время Гиммлер сожалел о той независимости, которую имел теперь Гейдрих, о потере его ежедневных советов, на которые Гиммлер привык полностью полагаться. Гейдрих, однако, не собирался оставить свои обязанности в Берлине, сохранил за собой свою должность главы РСХА и постоянно ездил из Праги в Германию. Регистрация телефонных разговоров между офисом Гиммлера в Берлине и офисом Гейдриха в Праге — еще один показатель зависимости рейхсфюрера СС от энергичного и решительного офицера. Гиммлер, несомненно, чувствовал и страх при виде успеха человека, который (и он это понимал) во многом превосходил его. Несмотря на это, или может быть, из-за этого Гиммлер поддерживал с Гейдрихом самые близкие отношения, и его отъезду в Прагу предшествовали несколько совещаний с Гиммлером, в основном посвященных Восточному фронту.
Отъезд Гейдриха в Прагу был намеком для Шелленберга изменить своей преданности ему. Шелленберг и восхищался Гейдрихом, и ненавидел его, и у него были на то причины. Используя разнообразные тонкости, он в течение семи лет стремился из мальчи-ка-подмастерья, преданного СС, стать в день вторжения в Россию главой Амт IV — службы внешней разведки СД. Прирожденный интриган, он видел, что теперь будет разумным переориентировать свои услуги в направлении Гиммлера; он понял, что, возможно, в некотором отношении сможет заменить Гейдриха в качестве тайного наперсника Гиммлера, несмотря на то, что его характер так отличался от характера Гейдриха. Сам он говорил: «Многие мои противники распространили слух о том, что я и в самом деле «двойник» Гейдриха… Однако со временем эта злобная пропаганда постепенно прекратилась, и возник новый миф, в котором Гейдриха заменил Гиммлер». Шелленберг утверждал, что ему поручили составлять гитлеровские прокламации для немецкого народа о войне с Россией, и, стараясь закончить работу в срок, он просидел над ней всю ночь, в то время как Гейдрих и Гиммлер осаждали его телефонными звонками. «Гиммлер меня нервировал, — писал Шелленберг. — Как только Гитлер задавал ему какой-то вопрос или что-то говорил ему, он бежал к телефону и засыпал меня вопросами и советами». Шелленберг не без удовольствия почувствовал, что Гиммлер начинает зависеть от него, и его карьера быстро пошла в гору.