Стремление Гиммлера выиграть свой особый вариант войны было в этот период сильно, как никогда. Его ожесточили многие события, поражения в боях, смерть Гейдриха, серьезный вызов его власти, брошенный евреями варшавского гетто, выступления студентов в Мюнхене и коммунистическое подполье в Германии — Красная капелла (Rote Kapelle).
Красная капелла — так называлась сеть немецких шпионов, работающих на Россию; оказалось, что многие ее агенты были выходцами из достойных немецких семей, и многие из них работали в различных министерствах. Их руководитель, Гарро Шульце-Бойзен, неуравновешенный человек, в двадцатых годах был поэтом и революционером левого толка, а во время войны работал в департаменте Министерства авиации Геринга, который специализировался на «исследованиях» в области прослушивания телефонов. Этот отдел вполне естественно вызывал подозрение у Гиммлера.
В марте 1942 года Шелленберг был послан в Ка-ринхалле, роскошную загородную резиденцию Геринга, в которой руководитель Люфтваффе все чаще уединялся, стараясь избежать последствий падения своего авторитета. Он прибыл, чтобы испросить у Геринга разрешения выполнить эту работу силами СД. По свидетельству Шелленберга, Геринг встретил его в тоге и с маршальским жезлом в руке; перебирая драгоценности в хрустальной чаше, он впал в транс и так и не смог принять решения, в равной степени приемлемого для Гиммлера. Рейхсфюрер немедленно начал расследование в департаменте Геринга, которое, по свидетельству одного очевидца, было прекращено Гитлером в июле во избежание скандала. Геринг надеялся полюбовно замять дело, вручив Гиммлеру в августе почетные крылышки, но именно в этом месяце, в результате независимого расследования, проведенного департаментом военной разведки адмирала Канариса абвером, оказалась вскрыта вся сеть Красной капеллы, хотя сами аресты более чем сотни агентов в конце концов выполнялись объединенными силами полевой жандармерии Канариса и гестапо. Несмотря на то, что Гитлер разрешил гестапо подготовить уголовное судопроизводство, Гиммлер понимал, что его обширная организация оказалась не первой в деле раскрытия Красной капеллы, существование которой вызвало скандал, масштабы которого совершенно не соответствовали истинной важности этой шпионской организации. Шелленберг в своих мемуарах не преминул отдать пальму первенства в раскрытии этой подпольной организации себе и, как всегда, представил эту историю в самой красочной форме.
В феврале 1943 года, почти сразу же после серии судов над Красной капеллой, последовало выступление студентов Мюнхенского университета. Руководили им студент медицинского факультета Ханс Шолль и его сестра София, причем они занимались антинацистской пропагандой не только в Мюнхене, но и в других университетах Германии. Отвратительная речь, произнесенная гауляйтером Баварии Паулем Геслером, в которой он оскорбил студенток, предложив им производить незаконнорожденных детей с помощью, если понадобится, его адъютантов, привела к открытым демонстрациям в университете и на улицах Мюнхена. Однако Ханса и Софию Шолль предали, и после пыток в гестапо их судил Роланд Фрейслер, гитлеровский двойник печально известного в семнадцатом веке английского судьи Джефри, приговоривший их и других участников выступления к смертной казни. По свидетельству Хасселя, бывшего дипломата, ставшего впоследствии членом германского Сопротивления, Гиммлер склонялся к тому, чтобы отменить казнь в марте и не дать жертвам превратиться в орудие возмездия, однако он колебался так долго, что когда его приказ пришел, было уже поздно кого-либо спасать.