В отличие от событий в Ташкенте смещение М.Геккиева не прошло гладко. Более того — даже после ухода с поста руководителя Управления несмотря на многомесячную борьбу его преемник так и не был избран. Созванный в октябре 1989 года экстренный съезд Совета алимов провалился в связи с возникшими тяжелыми разногласиями на национальной почве. По этому вопросу наметилось жесткое противостояние между дагестанскими духовными лидерами и представителями всех остальных народов Северного Кавказа. Последние уполномочили казыя Карачаево-Черкесии изложить их общую точку зрения на происходящее, и тот заявил о намерении создать независимое от ДУМСК духовное управление.
Уже через месяц после съезда возник новый муфтият — ДУМ Кабардино-Балкарской республики. Попытавшись спасти от развала ДУМСК, духовное и региональное руководство Дагестана сумели лишь реорганизовать его в Духовное управление мусульман Дагестана, что окончательно зафиксировало развал системы управления и запустило процесс размежевания на Северном Кавказе.
Для Духовного управления мусульман Европейской части и Сибири (ДУМЕС) события в САДУМ и ДУМСК не представляли поначалу значимой угрозы. Позиции руководителя Управления Талгата Таджуддина выглядели вполне прочными, однако на территории, подведомственной ДУМЕС, события стали развиваться не по пути «верхушечных» переворотов, а носили более глубинный, а потому и более катастрофичный характер.
В феврале 1989 года Первый всетатарский съезд учредил «Народное движение в поддержку перестройки — Татарский общественный центр», бывший, по сути, первой этнорелигиозной партией СССР. ТОЦ стал матрицей для большинства радикальных националистических и сепаратистских организаций Татарстана. Вслед за ТОЦ создание этнорелигиозных партий и объединений в национальных автономиях России приняло обвальный характер.
Если в Башкирии, Татарстане, других национальных республиках в идеологии этих партий и движений преобладали националистические мотивы, то созданная в Астрахани Исламская партия возрождения (ИПВ) носила подчеркнуто клерикальный характер. Особого влияния она не имела, просуществовала сравнительно недолго — буквально до распада СССР. ИПВ сумела закрепиться на некоторое время лишь в Таджикистане, где сыграла исключительно негативную роль в развязывании гражданской войны. Тем не менее именно в ИПВ впервые появились в качестве политических деятелей многие из ныне действующих политиков исламского толка с радикальными воззрениями. В частности, идеологом партии был философ Гейдар Джемаль, требовавший создания общесоюзного исламского политического центра, ограждающего умму от демократических западнических тенденций.