Вместе с крахом советской коммунистической идеологии на территории СССР начался мощный подъём религиозного возрождения. Число мусульманских общин стало лавинообразно расти, существующие стремительно наполнялись людьми. Советская система, подчиняющая каждую общину непосредственно председателю ДУМЕС, захлебнулась в управленческом коллапсе, и 15 января 1991 года президиум ДУМЕС принял решение о создании территориальных органов управления — мухтасибатов. Были созданы 25 территориальных управлений, руководство которыми было передано наиболее заслуженным и образованным имам-хатыбам этих территорий. Они получили звание имам-мухтасиба вместе с чрезвычайно широкими полномочиями, фактически переводящими их в автономные центры принятия решений.
Очень высокую степень влияния и широкие полномочия получил бывший ответственный секретарь ДУМЕС, ставший мухтасибом Московского мухтасибата, Равиль Гайнутдинов (Гайнутдин). На него были возложены обязанности по внешнеполитической деятельности ДУМЕС. Он же стоял у истоков Исламского культурного центра, который стал сложным структурным образованием, включавшим в себя черты общественной организации, духовного центра, политического объединения и коммерческой структуры. Довольно быстро ИКЦ стал структурой влияния Саудовской Аравии, а впоследствии и других аравийских монархий, которые через него запустили свои начальные программы финансирования духовного образования в России.
Образование стало ахиллесовой пятой исламского возрождения, так как быстро росшая численность возвращающихся к исламу последователей не была подкреплена адекватным ростом численности образованных священнослужителей, а имевшиеся учебные заведения попросту не могли обеспечить их выпуск. Открывающиеся религиозные учебные заведения не имели качественного преподавательского состава, учебных материалов. Число мечетей также не соответствовало возросшему количеству прихожан.
Весь этот спектр проблем не мог быть разрешен одномоментно, а в условиях нарастающего организационного хаоса, переходящего в коллапс, ни о каком качественном управлении процессами и решением проблем речи уже не шло. Начался период распада.
Сам процесс раскола исламской уммы и ее духовных лидеров носил очень изменчивый, динамичный и сложный характер. На его ход оказали влияние идущие в России процессы распада общественной и государственной ткани периода 90 годов прошлого века. Ислам стал разменной картой в руках политиков, пытающихся использовать его для достижения своих целей.

Особенно трагичные события происходили на Северном Кавказе, где впервые эндемичный (традиционный) ислам столкнулся с ваххабизмом в его крайних формах. Беспощадная борьба с ваххабизмом не осталась без последствий — окрепшие суфийские тарикаты использовали в борьбе с ним вполне симметричные методы. Это привело к тому, что сегодня последователи погибшего Саида Чиркейского выглядят зачастую не слишком лучше ненавидимых ими ваххабитов. Подконтрольные им сетевые ресурсы ведут непримиримую борьбу как с экзогенными течениями ислама, так и с официальными духовными структурами современной России. Говорить на этом фоне о едином фронте борьбы с чуждыми и враждебными проектами на нашей территории пока не приходится.