Французы в ответ на этот бунт установили в цитадели пушку, обстреляли аль-Азхар, сильно разрушили мечеть и окружающие ее дома. «Такого ужаса еще никогда не видали жители города», — писал аль-Габарти. Выстрелы большой пушки заставили повстанцев кое-где отступить, но защитники квартала аль-Хусейниа сражались до тех пор, пока у них не кончились боеприпасы. Ночью французские солдаты разобрали баррикады, а затем кавалерия врезалась в аль-Азхар.
С этого момента египтяне ни на один день не оставляли французов в покое, и совершенно ясно, что они боролись своими собственными силами, без всякой помощи извне и без поддержки мамлюков и солдат. Наполеон был буквально потрясен — он угрожал репрессиями и требовал, чтобы шейхи выдали зачинщиков. Сначала шейхи ответили отказом, но в конце концов предали нескольких «руководителей» восстания. Одним из названных оказался лидер Корпорации слепых, и его вместе с четырьмя другими египтянами немедленно арестовали и расстреляли. Французы снесли часть Гизы, старого Каира (Вавилона) и Шубры, опоясали Каир укреплениями и множеством мелких фортов, которые все еще существуют у подошвы горы Мукаттам. В самом городе они уничтожили много небольших дворцов, домов и мечетей, которые, по мнению французов, повстанцы использовали как крепость.
Чтобы как-то отвлечь население от борьбы и заодно продемонстрировать мощь Франции, в Эзбекие был запущен воздушный шар. Но гондола оторвалась и с грохотом свалилась на землю, что заставило французов «сгореть от стыда» (аль-Габарти). Наполеон начал надстраивать цитадель, а разрушенную мечеть Хакима превратил в военное укрепление. Он намеревался проложить новые широкие бульвары от цитадели к другим районам города, в частности, выпрямить улицу, которая вела к его штаб-квартире в Эзбекие. Но даже француз Поль Равесс писал, что, к счастью, Наполеон не осуществил своего замысла, хотя 30–40 лет спустя хедив Исмаил все же осуществил его, улицу эту назвал шари Мухаммед Али. Но Наполеон провел широкую дорогу от Баб аль-Лука до Баб аль-Адауи, врезаясь в дома и древние улицы, что находились на пути. Строили дорогу французские рабочие и наемные (!) египтяне, причем вместо примитивных корзин и тачек применялись «простые, но совершенные орудия труда» (аль-Габарти). Несмотря на протесты населения, Наполеон снес дома и вырубил деревья вокруг дворца Эзбекие, а мечеть Бейбарса превратил в крепость, установив на крыше большую пушку.
Казалось, Наполеону удалось укрепиться в Каире, но цели его были репрессивными, карательными и военными.