Все важнейшие дела 3-го делопроизводства были переданы в Особый отдел, который к 1917 году состоял из 7 отделений: 1 — е — общего характера и переписки, 2-е — по делам партии эсеров, 3-е — по делам РСДРП, 4-е — по организациям национальных окраин России, 5-е — по разбору шифров, 6-е — следственное, 7-е — по справкам о политической благонадежности. В Особом отделе существовала специальная картотека революционных и общественных деятелей России, коллекция фотографий и нелегальных изданий всех политических партий России. 4-е делопроизводство (18 февр. 1883–1902, 1907-17) наблюдало за ходом политических дознаний в губернских жандармских управлениях, а после восстановления в 1907 осуществляло надзор за деятельностью подрывных организаций, а также легальных общественных организаций, земств и городских органов самоуправления; 5-е делопроизводство (18 февр. 1883–1917) ведало гласным и негласным надзором; 6-е (1894–1917) — следило за изготовлением, хранением и перевозкой взрывчатых веществ, фабрично-заводским законодательством и его осуществлением, выдачей справок о политической благонадежности лицам, поступающим на государственную или земскую службу; 7-е (1902-17) — наследовало функции 4-го делопроизводства по наблюдению за дознаниями по политическим делам; 8-е (1908-17) — заведовало сыскными отделениями (органами уголовного розыска); 9-е (1914-17) — делами, связанными с войной (контрразведка, надзор за военнопленными и т. п.). В ведении Департамента полиции находилась особая агентура — гласная и негласная.
Объём, значимость решаемых задач и динамика развития Особого отдела Департамента полиции свидетельствуют об обоснованности утверждения историка Н.Н. Яковлева: «Ратаев не был мелкой сошкой в лабиринте охранки».
Леонид Александрович в течение многих лет держал в своих руках всю секретную агентуру Департамента полиции. Предотвращение целого ряда крупномасштабных террористических актов, которые готовили эсеры, — его несомненная заслуга. Отлично Леонид Александрович показал себя и в должности заведующего Заграничной агентурой Департамента (1902–1905 годы), поставив и подчинив своему непосредственному влиянию практически все самостоятельные ранее центры русской политической полиции в Берлине, Силезии, Галиции и на Балканах.
Выйдя в отставку, Ратаев проживал во Франции, где по заданию МВД занялся исследованием деятельности масонов и их роли в российском революционном движении. Добытый Леонидом Александровичем материал весьма интересен, но это уже совсем другая история.
***