— Эмомали, почему такой бардак в стране? Почему твои земляки и приближенцы ведут себя по-хамски? Убивают, грабят, насилуют? Разве мы за это воевали?
— Махмуджон, они же убивают, грабят, насилуют наших врагов, — отвечал Рахмонов. — А ты переживаешь… Лучше скажи, какое министерство тебе нужно?
— Я не за этим пришел, — проговорил Махмуд и отвернулся.
Рахмонов показал всем зубы
В феврале 1996-го, еще оставаясь командиром спецназа, Махмуд вывел своих бойцов к президентскому дворцу и потребовал отставки первого вице-премьера республики Убайдуллоева. В 1997 году Худойбердыев снова окружил Душанбе. Говорят, тогда в кабинете Рахмонов горько рыдал: «Теперь конец…»
Рахмонова буквально спас советник российского президента по национальной безопасности Юрий Батурин. Он сумел заставить Рахмонова выступить по телевидению, успокоить народ и пойти на переговоры с мятежным полковником, чтобы взять ситуацию в свои руки.
— Плачущий президент произвел на меня такое впечатление, что мне стало жалко его, и я ушел, — незадолго до своей гибели рассказывал Махмуд (осенью 2001 года дошли слухи о том, что Худойбердыев погиб, но обстоятельства его смерти противоречивы).
…В 1999-м Рахмонов был переизбран на пост Президента Таджикистана на семилетний срок. По официальным данным, за него проголосовали 97 процентов избирателей при общей явке 99,8 процента. После выборов Рахмонов особенно целеустремленно взялся за укрепление своей власти. Избавившись от «крыши», таджикский правитель принялся вышибать главную подпорку — «российские штыки».
В 2001 году Рахмонов поспешил предоставить США и НАТО воздушный коридор в Афганистан и согласился предоставить таджикские аэродромы для авиации антиталибской коалиции. Позже вел переговоры о возможном открытии американской военной базы. Тогда-то впервые между Таджикистаном и Россией появилась «трещина». Рахмонов требовал вывести 201-ю мотострелковую дивизию, которая когда-то помогла ему стать президентом.
Потом американцы решили обосноваться в Узбекистане и Киргизии, и уговорить Рахмонова стало проще. Помогло обещание России списать госдолг Таджикистана в 300 млн долларов. 17 октября 2004 года российская военная база в Кулябе была торжественно открыта. (Спустя пять лет Рахмонов потребовал пересмотреть условия договора.)
В ноябре 2006 года Рахмонов выиграл очередные президентские выборы, а через несколько месяцев ввел несколько неожиданных запретов. Призвав граждан Таджикистана использовать исторически правильное написание своих имен и фамилий, запретил регистрацию детей с фамилиями, имеющими русские окончания — ов и — ев. При этом он заявил, что сам отныне будет именоваться Эмомали Рахмоном.