16 марта 1943 г. была утверждено положение о Чрезвычайной государственной комиссии, где сообщалось, что ЧГК собирает документальные данные, проверяет их и по мере необходимости публикует материалы о нацистских преступлениях и материальном ущербе, что она издает распоряжения и инструкции по вопросам, входящим в компетенцию комиссии. Указывалось, что в необходимых случаях ЧГК будет иметь своих уполномоченных в союзных республиках, которые будут подчиняться непосредственно ей. Предусматривалось, что к составлению актов должны привлекаться представители советских, хозяйственных, профсоюзных, кооперативных и других общественных организаций, рабочие, колхозники и служащие. Для ведения дел Чрезвычайной государственной комиссии создавался секретариат в составе:
а) ответственный секретарь[35],
б) отдел по учету злодеяний, совершенных немецкими оккупантами и их сообщниками против граждан Советского Союза;
в) отдел по учету ущерба, причиненного колхозам и совхозам;
г) отдел по учету ущерба, причиненного промышленности, транспорту, связи и коммунальному хозяйству;
д) отдел по учету ущерба, причиненного кооперативным, профсоюзным и другим общественным организациям;
е) отдел по учету ущерба, причиненного культурным, научным и лечебным учреждениям, зданиям, оборудованию и утвари религиозных культов;
ж) отдел по учету ущерба, причиненного советским гражданам;
з) инспекторский отдел;
и) архив комиссии[36].
3 апреля 1943 г. был утвержден штат комиссии в количестве 116 человек и смета в сумме 2 млн. 669 тыс. рублей.
В соответствии с положением от 16 марта 1943 г. в республиках и областях также были созданы местные комиссии по расследованию преступлений немецко-фашистских захватчиков, которые действовали в тесном сотрудничестве и под руководством Чрезвычайной государственной комиссии[37]. К началу 1944 г. действовало 19 областных и республиканских комиссий[38].
Чрезвычайная государственная комиссия сразу же приступила к работе и собрала массу доказательств преступлений фашистских захватчиков. В работе по составлению актов о преступлениях гитлеровцев и установлению ущерба, причиненного захватчиками, приняло участие свыше 7 млн. человек — рабочих, колхозников, инженеров, техников, деятелей науки, культуры, священнослужителей и др.[39] Акты составлялись в соответствии с подробно разработанными Чрезвычайной государственной комиссией инструкциями о порядке установления и расследования злодеяний немецко-фашистских захватчиков и по установлению размеров ущерба. Чрезвычайная государственная комиссия рассмотрела и изучила 54 тыс. актов и свыше 250 тыс. протоколов опросов свидетелей и заявлений о злодеяниях фашистов. По данным этих документов, только на территории Советского Союза фашистские палачи убили и замучили во время оккупации миллионы мирных советских граждан и военнопленных. Комиссия рассмотрела около 4 млн. актов об ущербе, причиненном немецко-фашистскими захватчиками, который составлял 679 млрд. рублей (лишь прямой ущерб). На основании материалов расследований Чрезвычайная государственная комиссия составила список руководителей и непосредственных исполнителей преступлений немецких захватчиков, а также лиц, эксплуатировавших советских людей.