Выбором особей селекционная работа не завершается. Требуется очень внимательно подбирать пары. В этом случае под подбором имеют ввиду максимально целесообразное сочетание самца и самки, чтобы получить в итоге наилучшее потомство.
В разведении кроликов можно использовать как однородный, так и разнородный подбор. В случае однородного подбора надо брать самца и самку так, чтобы они были максимально схожи по происхождению, уровню развития, физическим показателям, а также по продуктивности. Цель данного отбора заключается в закреплении и дополнительном усилении положительных характеристик родителей. Эту технологию используют в основном стаде племенных ферм, а также в племенных ядрах неплеменных ферм.
Наиболее качественные результаты получаются тогда, когда разведение кроликов осуществляют по линиям и семействам. Так поступают, когда нужно как можно больше увеличить массив кроликов ценных пород. Наивысшей формой такого подбора является родственное спаривание животных. Но таким спариванием не следует злоупотреблять, так как можно получить мутации, из-за чего все потомство придется в лучшем случае выбраковать. Поэтому чаще используют умеренное родственное спаривание. Когда это осуществляют, корм животным дают максимально насыщенный питательными веществами. Кроме того, условия содержания также должны быть оптимальными. Также производят очень жесткую выбраковку неподходящих особей. Все это делается с целью не допустить проявления разного рода мутаций. Если использовать родственные спаривания слишком часто, при этом злоупотребляя близкой степенью родства, то в итоге можно добиться обратного результата — конституция у потомства будет сильно снижаться вместе с жизнеспособностью, скорость роста также понизится. Помимо этого, значительно ухудшатся такие показатели, как живая масса, плодовитость, вполне вероятно, что в потомстве начнут появляться мутировавшие особи.
В однородном подборе также есть ряд отрицательных моментов, так как он в значительной степени снижает изменчивость вида, следовательно, очень сильно тормозит развитие и появление новых характеристик. Также данный подбор может в генном материале потомства закрепить не только их положительные характеристики, но и все недостатки, которые передались им от родителей.
Разнородный подбор подразумевает собой спаривание особей, имеющих разнотипные признаки. В этом случае пары подбирают таким образом, чтобы самец был лишен определенных недостатков крольчихи, а та, в свою очередь, имела бы ряд желаемых достоинств и не обладала бы недостатками самца. В этом случае нужно быть очень внимательным, чтобы не подобрать животных с одинаковыми недостатками или же с достаточно серьезными отклонениями от нормы. За счет использования такой технологии подбора значительно увеличиваются жизнеспособность, крепость и продуктивность потомства. Помимо этого, в значительной степени увеличиваются приспосабливаемость и изменчивость крольчат. Если в ходе такой селекционной работы появляются отдельные особи с выделяющимися позитивными признаками, то их необходимо закреплять в потомстве, причем делают это с помощью однородного подбора.