В январе 1905 года Котовский был, наконец, арестован за уклонение от призыва на военную службу. Шла Русско-японская война, царская армия несла тяжелые потери, и ей требовалось пополнение. Поэтому полиция активизировала розыск уклонистов. По случаю ареста Котовского было вынесено следующее решение: «…Балтское уездное полицейское управление, рассмотрев переписку о задержанном в г. Кишиневе балтском мещанине Григории Ивановиче Котовском, нашло, что Котовский подлежал отбытию воинской повинности в 1902 году, но к исполнению таковой до сих пор не являлся, скрываясь в разных местах, а потому постановило: названного Григория Котовича (так в документе. — Б. С.), в целях воспрепятствования дальнейшего уклонения от исполнения воинской повинности, содержать под стражей при полиции, впредь до открытия заседания Балтского воинского присутствия 3 февраля 1905 года, о чем ему объявить, а копию сего постановления препроводить товарищу прокурора по Балтскому участку.
Пом. исправника: Журавский».
Позднее Котовский утверждал, что служил не где-нибудь, а в лейб-гвардии Уланском полку. В действительности же в феврале 1905 года его направили в самый обычный армейский 19-й Костромской пехотный полк в Житомир. Но он там не задержался. В Житомире находился запасной батальон полка, а его боевые части в это время перебрасывались в Маньчжурию. Но принять участие в боевых действиях он уже не успел. Котовский, однако, не знал, что война вот-вот закончится, и совершенно не горел желанием оказаться на фронте. Уже 31 мая 1905 года он бежал из полкового лазарета и в связи с дезертирством был исключен из полковых списков. 4 июня 1905 года он нелегально вернулся в родную Бессарабию. В Житомире Котовский впервые познакомился с эсеровским подпольем. Крепко сложенный, обаятельный, с ярко выраженными лидерскими качествами выходец из Бессарабии, хорошо знавший крестьянский быт, казался подходящей кандидатурой для организации эксов, а главное — для создания боевых отрядов и осуществления нападений на полицейских и солдат. В России началась революция, и революционные партии всерьез рассчитывали взять власть. Но в тот момент к способности эсеров стать правящей партией Котовский относился весьма скептически, да и впоследствии своего мнения не переменил, хотя в 1917 году одно время публично высказывался в поддержку Керенского. Идея грабить богатых его в принципе увлекала. Хотелось отомстить всем этим помещикам, которые жили на всем готовеньком, ничего не делали, да еще попрекали его сотней-другой хозяйских денег или тем, что он определенно нравился их супругам. В последнем Григорий Иванович винил самих помещиков, которые, как он думал, не могли удовлетворить своих взыскательных жен. Но вот отдавать деньги в партийную кассу, а тем более без нужды губить людей, тех же полицейских и солдат, Котовскому претило. Деньги от житомирских эсеров на подпольную жизнь Котовский взял и на них перебрался в Одессу. Однако в дальнейшем никаких денег партии эсеров от своих многочисленных налетов Котовский не давал и связей с эсерами вплоть до революции 1917 года не поддерживал. Впоследствии это обстоятельство облегчило ему переход к большевикам.