Союз кальвинистского Великого Княжества с преимущественно католическим Польским Королевством начал новую страницу в истории Беларуси, но в то время мало кто мог предвидеть, что будет дальше. На Люблинском сойме почти все послы Великого Княжества были кальвинистами или лютеранами, а среди польской делегации евангельские христиане составляли примерно одну четверть. Несмотря на это многие в Беларуси считали, что принципиальных изменений во внутренней политике Речи Посполитой Двух Народов не предвидится.
Тем временем в Польше реформационное движение пошло на спад, и католическая церковь стала постепенно отвоёвывать свои позиции. Во главе этого движения, названного Контрреформацией, стали иезуиты - монашеский орден, имевший своей целью установление власти католической церкви во всём мире. В 1569 году первые иезуиты приехали в Вильню по приглашению виленского епископа Протасевича и в следующем году открыли свою школу. Евангельские церкви Великого Княжества, в то время очень сильные и расширяющие своё влияние, просто не заметили появления в столице своего в недалёком будущем опаснейшего врага. Внимание всех было сконцентрировано на спорах между большим и меньшим зборами, и на это были брошены интеллектуальные и материальные силы евангельских христиан. Однако самые дальновидные лидеры Реформации в Великом Княжестве понимали необходимость совместных действий представителей разных направлений реформационного движения. В марте 1570 года по инициативе Микалая Радзивила Рыжего в Вильне был заключён договор между лютеранами и кальвинистами, касающийся не столько догматических вопросов, сколько вопросов сотрудничества, консультаций и взаимопомощи. Пример Великого Княжества подействовал, и спустя несколько месяцев в Сандомире было заключено подобное соглашение, охватывавшее евангельских христиан всей Речи Посполитой.
В 1572 году умер, не оставив наследника, Жигимонт Август, последний из династии Ягайловичей. Возник вопрос о том, кто будет следующим королём и великим князем. Многие в Речи Посполитой склонялись к кандидатуре Генриха Валуа, брата французского короля Карла IX. Среди беларуских кальвинистов это вызвало тревогу, потому что как раз в это время вся Европа была шокирована событиями Варфоломеевской ночи, когда во Франции было убито около 50 тысяч гугенотов (так во Франции называли кальвинистов), только за то, что они не молятся как католики. Когда в январе 1573 года шляхта Речи Посполитой собралась в Варшаве, чтобы определить условия жизни страны во время бескоролевья, Микалай Радзивил Рыжий при поддержке Астафея Воловича и Павла Паца, выступил с инициативой законодательно закрепить религиозную толерантность, чтобы предотвратить в государстве религиозные войны. В результате голосования был принят акт Варшавской конфедерации, один из пунктов которого гласил: "А іж в Речы Посполітой ест розность немалая з стороны веры хрестіяньское, забегаючы тому, абы се с тое прычыны межы людмі заістье якое шкодлівое не вщело, которую по іншіх королевствах ясне відім, обецуем то собе сполне за нас і за потомкі нашы на вечные часы покой межы собою заховаті, а для розное веры і отмены в костелах крові не пролівать, ані се караті отсуженьем маетності, почстівостью, везеньем і выволаньем, і зверхності жадное, ані уряду до такового поступку жадным способом не помагать".