В августе 1951 г. Пепеляеву присвоили воинское звание полковника.
В один из сентябрьских дней 1951 г. ведомая им группа «МиГов» с запозданием была поднята на перехват 12 самолётов «Старфайр P-94». По итогам боя лётчикам были записаны сбитыми 7 машин, из них две — на счёт командира полка.
6 октября 1951 г. Пепеляев подбил «Сейбр», совершивший вынужденную посадку на территории, контролируемой северокорейскими войсками. На снижении подбитый самолёт был повторно атакован лётчиком 176-го гвардейского ИАП К.Я. Шеберстовым. Американскому лётчику, вполне возможно, это был Д. Джабарра — второй по итогам войны в Корее ас, удалось посадить подбитую машину в полосе прибоя и на спасательной лодке уйти в море, где его подобрал спасательный вертолёт. В считанные часы подбитый самолёт был вывезен с места вынужденной посадки и эвакуирован в Советский Союз. Это был первый захваченный «Сейбр».
Последнюю свою победу полковник Пепеляев одержал 15 января 1952 г., сбив очередной «Сейбр». Всего же с 1 апреля 1951 г. по 1 февраля 1952 г. он совершил 108 боевых вылетов на МиГ-15 и МиГ-15-бис, в 38 воздушных боях сбил 20 самолётов официально, и ещё 3 было не засчитано. За каждые 5 вылетов Пепеляев сбивал по самолёту противника. В двух боях он уничтожил по 2 самолёта.
Полку под его командованием было засчитано сбитыми 109 неприятельских машин различных типов. Большего числа сбитых самолётов не было засчитано ни одному из почти 30 истребительных авиационных полков, воевавших в Корее в 1950–1953 гг. В боях погибли 4 лётчика 196-го ИАП, было потеряно 12 МиГ-15. Потери, понесённые его полком, также минимальны.
22 апреля 1952 г., после возвращения в Союз, Евгению Георгиевичу Пепеляеву было присвоено звание Героя Советского Союза. В дальнейшем он служил в различных местах и на разных должностях. В 1958 г. закончил Военную академию Генерального штаба. Командовал дивизией в Ярославле, был заместителем командира истребительного авиационного корпуса. Всего за свою лётную жизнь налетал 2020 часов и освоил 22 типа самолётов, среди них реактивные истребители: Як-15, Як-17, Як-25, Ла-15, МиГ-15, МиГ-17, МиГ-19, Су-9. Летал он до 1962 г. С 1973 г. полковник в запасе.
Пепеляев около 12 лет, до 1986 г. проработал в Московском институте приборной автоматики.
Герой Советского Союза полковник Е.Г. Пепеляев награждён двумя орденами Ленина, тремя Красного Знамени, орденами Отечественной войны I степени, Отечественной войны II степени, двумя орденами Красной Звезды, медалями.
Е.Г. Пепеляев умер 4 января 2013 года. Похоронен на Николо-Архангельском кладбище в Москве.