Пошатнувшаяся за предшествующие пятьдесят лет репутация папства и нежелание реформ дали французам дополнительный стимул для подготовки вторжения. Падение авторитета папства и доходы, которые национальные церкви стали оставлять себе, позволили французской церкви завоевать относительную автономию. В то же время ее беспокоило моральное разложение клириков в собственной стране. Проповедники осуждали падение нравов в пламенных речах, эту тему рассматривали и серьезные критики, синоды предлагали меры по исправлению положения, но все это не приносило практической пользы. В эти годы — писал один француз — реформа была главной темой разговора. В 1493 году, во время обсуждения претензий французов на Неаполь, Карл VIII сформировал в Туре комиссию и поручил ей подготовку программы, которая придала бы законную силу его намерению совершить крестовый поход в Италию с целью реформы и смещения Александра VI за симонию. Это не было спонтанной идеей короля. Бедное нескладное дитя увядающей династии Валуа, с головой, забитой мечтами о рыцарстве и крестовом походе против турок, под влиянием яростных убеждений кардинала делла Ровере, задумало устроить и религиозную реформу. Пылая неодолимой ненавистью к Александру VI, кардинал приехал во Францию с единственной целью — уничтожить Борджиа. «Папа, исполненный гнусных пороков, столь отвратительный в глазах мира», должен быть удален, настойчиво внушал он королю, на место Александра VI должен прийти новый понтифик.
Подобные шаги, инициированные кардиналами при поддержке Франции, вызвали в памяти недавнюю схизму. Ничто в истории христианства не нанесло церкви столь невосполнимого вреда. Делла Ровере и его сообщники, возможно, даже задумывались о повторении церковного раскола, и какие бы доводы они ни приводили, возмущаясь преступлениями Александра VI, иначе как безответственностью назвать это было нельзя, а объяснить ее можно было разве безумием, отличавшим всех пап Ренессанса.
Недаром Александр VI опасался влияния Ровере на короля Франции — ведь кардинал мог направить одурманенный королевский мозг на реформацию церкви. Согласно Гвиччардини, отнюдь не восхищавшегося папами, реформа, по мысли Александра VI, была «ужаснее всего на свете». Принимая во внимание то, что Александр VI отравлял, заключал в тюрьму и другими способами останавливал своих оппонентов, в том числе и кардиналов, удивительно, что он не заточил делла Ровере. Впрочем, его противник и преемник был слишком выдающимся человеком и, кроме того, он проявлял осторожность: в Риме не появлялся и проживал в крепости.